198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4678 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4678  major facilitator transporter  100 
 
 		 404 aa  774    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4386  major facilitator transporter  87.16 
 
 		 405 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5287  major facilitator superfamily MFS_1  79.21 
 
 		 405 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0508736  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8475  major facilitator superfamily MFS_1  36.86 
 
 		 446 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.746267  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3101  major facilitator transporter  28.89 
 
 		 427 aa  122  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627117 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  27.18 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  27.81 
 
 		 414 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  28.24 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  26.2 
 
 		 434 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  25.85 
 
 		 434 aa  79.7  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  28.92 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1554  major facilitator transporter  27.36 
 
 		 401 aa  76.3  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  23.41 
 
 		 486 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6311  major facilitator superfamily MFS_1  26.01 
 
 		 413 aa  72.8  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278735  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  26.26 
 
 		 426 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  29.3 
 
 		 408 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5858  major facilitator transporter  25.84 
 
 		 414 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2251  major facilitator transporter  26.54 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000681216  hitchhiker  4.26317e-17 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3905  major facilitator transporter  25.56 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.187616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2823  major facilitator transporter  26.79 
 
 		 408 aa  69.3  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.087939  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4613  major facilitator superfamily MFS_1  24.5 
 
 		 417 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.969548 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7884  major facilitator superfamily MFS_1  25.33 
 
 		 411 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4647  major facilitator transporter  27.61 
 
 		 405 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4966  major facilitator superfamily transporter transmembrane protein  28.96 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4224  major facilitator transporter  24.18 
 
 		 411 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6050  major facilitator superfamily MFS_1  25.07 
 
 		 419 aa  67  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0983  major facilitator superfamily permease  23.68 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.445341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  24.15 
 
 		 428 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  27.13 
 
 		 412 aa  66.2  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0267  major facilitator superfamily MFS_1  28.16 
 
 		 441 aa  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.116194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  24.88 
 
 		 414 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1507  major facilitator transporter  25.54 
 
 		 421 aa  65.1  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6515  major facilitator superfamily permease  24.85 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  27.79 
 
 		 400 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0632  major facilitator transporter  26.74 
 
 		 442 aa  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3859  major facilitator transporter  26.01 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.526422 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3401  major facilitator transporter  27.41 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  27.57 
 
 		 436 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6790  major facilitator superfamily MFS_1  24.25 
 
 		 404 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6367  major facilitator superfamily MFS_1  24 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1829  major facilitator superfamily MFS_1  23.31 
 
 		 414 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1789  major facilitator transporter  26.85 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.790734  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1958  major facilitator transporter  25.67 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.716163  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  24.92 
 
 		 437 aa  59.7  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  23.42 
 
 		 427 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  26.46 
 
 		 420 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5881  major facilitator superfamily MFS_1  26.61 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3681  major facilitator superfamily MFS_1  25.86 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  24.72 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  24.16 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02840  Monocarboxylate transporter-like protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q874I2]  27.3 
 
 		 445 aa  57.8  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00450414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  27.27 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3665  major facilitator transporter  25.17 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3532  major facilitator superfamily MFS_1  23.79 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697797  normal  0.296652 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C10  major facilitator superfamily permease  24.46 
 
 		 413 aa  57  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  25.93 
 
 		 418 aa  56.2  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1540  major facilitator transporter  26.97 
 
 		 414 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8610  major facilitator superfamily MFS_1  27.39 
 
 		 414 aa  55.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.452747 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1067  major facilitator superfamily MFS_1  26.57 
 
 		 417 aa  55.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  27.92 
 
 		 420 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  25.62 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5540  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.477353 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0615  major facilitator transporter  25.5 
 
 		 422 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.444913  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  26.3 
 
 		 438 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1022  major facilitator superfamily MFS_1  22.74 
 
 		 412 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  24.94 
 
 		 433 aa  55.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  24.81 
 
 		 418 aa  55.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3759  major facilitator transporter  29.05 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  27.09 
 
 		 400 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1941  putative permease  22.75 
 
 		 421 aa  53.5  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.249654  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1994  major facilitator transporter  24.69 
 
 		 411 aa  53.1  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  26.12 
 
 		 422 aa  52.8  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6301  major facilitator transporter  29.78 
 
 		 410 aa  52.8  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.430567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  26.9 
 
 		 405 aa  52.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1885  major facilitator transporter  25.45 
 
 		 405 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.135618  normal  0.739833 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  26.9 
 
 		 405 aa  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1036  major facilitator superfamily MFS_1  27.57 
 
 		 433 aa  52  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0943  major facilitator transporter  23.53 
 
 		 407 aa  51.6  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05082  hypothetical protein  21.38 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08789  MFS monocarboxylate transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12710)  25.09 
 
 		 506 aa  51.2  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02358  conserved hypothetical protein  25.68 
 
 		 448 aa  51.2  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3434  major facilitator superfamily MFS_1  22.42 
 
 		 421 aa  51.2  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00325529 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2097  major facilitator superfamily MFS_1  26.63 
 
 		 436 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.481915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1307  major facilitator superfamily MFS_1  25.82 
 
 		 538 aa  50.8  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0288  major facilitator superfamily MFS_1  28.91 
 
 		 553 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000241924 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  25.57 
 
 		 408 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1372  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 		 436 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  26.7 
 
 		 409 aa  50.4  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0256  major facilitator transporter  25.2 
 
 		 424 aa  50.4  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.146977  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4920  major facilitator transporter  28.91 
 
 		 552 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0958503  hitchhiker  0.000474897 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3782  major facilitator superfamily transporter  24.8 
 
 		 415 aa  50.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1212  major facilitator transporter  27.78 
 
 		 432 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260069  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0313  major facilitator transporter  28.91 
 
 		 553 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0308  major facilitator transporter  28.91 
 
 		 553 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00531015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30600  putative permease  25.57 
 
 		 404 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.166806 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3548  major facilitator superfamily MFS_1  28.08 
 
 		 441 aa  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.119426  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0351  major facilitator superfamily permease  20.76 
 
 		 415 aa  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.642789  hitchhiker  0.00154369 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04481  monocarboxylate transporter (Eurofung)  25.25 
 
 		 510 aa  49.7  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.129733  normal  0.497069 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1344  major facilitator superfamily MFS_1  23.27 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>