131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4032 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3103  HipA domain-containing protein  71.75 
 
 		 449 aa  657    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.891938  normal  0.0171955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4032  HipA domain-containing protein  100 
 
 		 444 aa  909    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.716492 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1930  hypothetical protein  64.37 
 
 		 449 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5430  HipA N-terminal domain protein  35.55 
 
 		 439 aa  243  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.875392 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3688  HipA N-terminal domain protein  35.32 
 
 		 403 aa  189  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.649488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3810  HipA domain-containing protein  33.59 
 
 		 402 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.842886  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0205  hypothetical protein  29.77 
 
 		 381 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1275  hypothetical protein  28.64 
 
 		 425 aa  150  4e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.370797  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5912  HipA domain protein  30.35 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1299  HipA domain protein  25.13 
 
 		 395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0672  HipA domain-containing protein  30.69 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0157438  decreased coverage  0.000108623 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2046  HipA domain protein  27.92 
 
 		 251 aa  103  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6296  HipA N-terminal domain-containing protein  30.19 
 
 		 408 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0511  HipA-like  28.9 
 
 		 422 aa  84.3  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0104648  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3972  HipA domain-containing protein  27.34 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3754  HipA N-terminal domain protein  26.68 
 
 		 418 aa  72.8  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0678  HipA domain-containing protein  28.57 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1915  hypothetical protein  24.19 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0063  hypothetical protein  27.16 
 
 		 435 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0650  HipA domain-containing protein  28.22 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0403  HipA domain-containing protein  26.5 
 
 		 430 aa  68.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0497  HipA domain-containing protein  25.71 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0670  HipA N-terminal domain protein  28.22 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3446  HipA domain-containing protein  31.18 
 
 		 617 aa  66.6  0.0000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2443  HipA protein  26.98 
 
 		 435 aa  66.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.793431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3395  HipA domain-containing protein  28.22 
 
 		 433 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252233 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0706  hypothetical protein  28.22 
 
 		 433 aa  65.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2873  HipA N-terminal domain protein  26.39 
 
 		 396 aa  64.7  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0558  HipA domain-containing protein  27.87 
 
 		 423 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0292  HipA N-terminal domain protein  27.08 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2261  HipA N-terminal domain protein  27.01 
 
 		 419 aa  64.3  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.573422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1756  HipA N-terminal domain protein  30.2 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0307  HipA-like protein  24.03 
 
 		 435 aa  63.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4059  hypothetical protein  26.82 
 
 		 451 aa  62.4  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2281  protein related to capsule biosynthesis enzymes, HipA-like  26.79 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3372  HipA domain-containing protein  26.49 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0337  HipA-like  27.02 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.228503 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1919  HipA N-terminal domain protein  27.06 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109564  normal  0.999152 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1477  HipA domain-containing protein  28.01 
 
 		 441 aa  60.5  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0139  HipA N-terminal domain protein  26.67 
 
 		 460 aa  59.3  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0556  HipA domain-containing protein  33.08 
 
 		 620 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0889579  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2292  hypothetical protein  24.78 
 
 		 312 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0156  HipA-like protein  26.24 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0383905  hitchhiker  0.00201616 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4520  HipA domain-containing protein  25.38 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0479  HipA domain-containing protein  32.14 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4571  HipA domain-containing protein  29.47 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000268892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0375  HipA domain-containing protein  27.46 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000772638 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1629  hypothetical protein  26.35 
 
 		 443 aa  57  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1916  putative regulatory protein  26.25 
 
 		 441 aa  56.6  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0359  hypothetical protein  29.03 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3846  HipA domain-containing protein  23.46 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4056  HipA-like  29.33 
 
 		 613 aa  56.2  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.970389  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6540  HipA domain-containing protein  26.1 
 
 		 434 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1548  HipA domain-containing protein  26.6 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0470095 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3330  putative regulatory protein  27.8 
 
 		 450 aa  56.2  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.872604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2160  HipA domain-containing protein  27.39 
 
 		 449 aa  55.8  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1444  hypothetical protein  26.86 
 
 		 454 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4225  HipA domain-containing protein  26.79 
 
 		 444 aa  55.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6255  HipA domain-containing protein  27.09 
 
 		 434 aa  54.3  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2301  HipA domain-containing protein  25.96 
 
 		 437 aa  53.5  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.752319  normal  0.112429 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6813  HipA N-terminal domain protein  26.92 
 
 		 418 aa  53.5  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1252  HipA-like  27.09 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4540  HipA domain-containing protein  29.89 
 
 		 450 aa  52.8  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6580  HipA domain-containing protein  27.09 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0521  HipA domain-containing protein  24.82 
 
 		 422 aa  52.8  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5134  HipA domain-containing protein  24.09 
 
 		 450 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.868376  normal  0.708085 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1802  transcriptional regulator, HipA-like  21.93 
 
 		 440 aa  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2033  HipA domain-containing protein  23.93 
 
 		 435 aa  51.6  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420759 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03586  HipA  25.18 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0550  HipA N-terminal domain protein  26.06 
 
 		 404 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3700  HipA N-terminal domain protein  29.37 
 
 		 444 aa  51.6  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.717858  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1068  HipA domain-containing protein  29.14 
 
 		 453 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.579198 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0482  hypothetical protein  22.22 
 
 		 524 aa  51.2  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4573  HipA domain-containing protein  22.83 
 
 		 418 aa  51.2  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000280036 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0247  HipA domain-containing protein  25.94 
 
 		 318 aa  50.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2578  HipA domain-containing protein  27.02 
 
 		 435 aa  50.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0920682  hitchhiker  0.0000863412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2612  HipA domain-containing protein  27.02 
 
 		 435 aa  50.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0398407  hitchhiker  0.000000000000030159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0687  HipA-like protein  26.81 
 
 		 413 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0939  HipA-like-like  26.09 
 
 		 527 aa  50.1  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.578298  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5679  HipA domain-containing protein  23.46 
 
 		 362 aa  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4814  protein HipA  27.14 
 
 		 442 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2897  HipA N-terminal domain protein  25.79 
 
 		 439 aa  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0064  HipA protein, DNA binding regulator  24.22 
 
 		 434 aa  50.1  0.00009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4151  transposase, IS4 family protein  24.92 
 
 		 435 aa  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0093  HipA N-terminal domain protein  23.28 
 
 		 440 aa  49.7  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0648821  normal  0.0261273 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2121  protein HipA  25.35 
 
 		 351 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218209 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30640  HipA protein  33.09 
 
 		 433 aa  49.3  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0859  hypothetical protein  27.18 
 
 		 312 aa  48.5  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000274467 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2253  HipA domain-containing protein  27.43 
 
 		 437 aa  48.5  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00653025  normal  0.641538 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4244  HipA N-terminal domain protein  23.97 
 
 		 439 aa  48.5  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01469  regulator with hipB  25.69 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2139  HipA N-terminal domain protein  25.69 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00420525  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01479  hypothetical protein  25.69 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1621  HipA N-terminal domain protein  27.18 
 
 		 437 aa  48.5  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1590  protein HipA  25.69 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.943886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2150  HipA domain-containing protein  25.69 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0282  HipA domain-containing protein  24.67 
 
 		 451 aa  47.8  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4275  HipA domain-containing protein  28.12 
 
 		 444 aa  47.8  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.221231 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0495  hypothetical protein  33.65 
 
 		 109 aa  47.4  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2955  HipA N-terminal domain protein  24.82 
 
 		 432 aa  47.4  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>