131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0063 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0063  hypothetical protein  100 
 
 		 435 aa  899    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5805  HipA domain-containing protein  31.65 
 
 		 413 aa  96.7  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6296  HipA N-terminal domain-containing protein  30.35 
 
 		 408 aa  96.7  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1548  HipA domain-containing protein  28.66 
 
 		 413 aa  90.5  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0470095 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1919  HipA N-terminal domain protein  25.94 
 
 		 430 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109564  normal  0.999152 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3754  HipA N-terminal domain protein  24.69 
 
 		 418 aa  87.4  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0687  HipA-like protein  29.94 
 
 		 413 aa  86.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1629  hypothetical protein  25.82 
 
 		 443 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3972  HipA domain-containing protein  24.2 
 
 		 409 aa  84.7  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0292  HipA N-terminal domain protein  26.54 
 
 		 414 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3688  HipA N-terminal domain protein  27 
 
 		 403 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.649488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2166  HipA domain protein  33.17 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0895292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4901  putative regulator containing a HipA-like domain  26.94 
 
 		 433 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.460954  normal  0.048459 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2281  protein related to capsule biosynthesis enzymes, HipA-like  26.67 
 
 		 430 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0210  HipA domain protein  31.22 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0247  HipA domain-containing protein  31.82 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4573  HipA domain-containing protein  23.71 
 
 		 418 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000280036 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3381  HipA domain-containing protein  24 
 
 		 420 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.391293  hitchhiker  0.00344758 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04052  HipA-like protein  27.97 
 
 		 400 aa  79.7  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0403  HipA domain-containing protein  25.61 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6255  HipA domain-containing protein  26.12 
 
 		 434 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0550  HipA N-terminal domain protein  28.48 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3351  HipA domain-containing protein  23.73 
 
 		 420 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1252  HipA-like  25 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6580  HipA domain-containing protein  25 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2292  hypothetical protein  32.16 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3810  HipA domain-containing protein  26.71 
 
 		 402 aa  77.4  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.842886  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4571  HipA-like  27.19 
 
 		 437 aa  77  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.31649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0153  HipA domain protein  33.15 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1871  HipA domain-containing protein  23.2 
 
 		 420 aa  77  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.911703  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3248  HipA domain-containing protein  23.47 
 
 		 420 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.980858  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6813  HipA N-terminal domain protein  30.56 
 
 		 418 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2955  HipA N-terminal domain protein  28.82 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3479  HipA domain-containing protein  23.2 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282724 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6540  HipA domain-containing protein  25.62 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0859  hypothetical protein  31.69 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000274467 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4059  hypothetical protein  26.81 
 
 		 451 aa  73.2  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4151  transposase, IS4 family protein  28.1 
 
 		 435 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0497  HipA domain-containing protein  25.51 
 
 		 438 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5419  HipA-like  27.74 
 
 		 448 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0139  HipA N-terminal domain protein  26.92 
 
 		 460 aa  69.3  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1621  HipA N-terminal domain protein  26.86 
 
 		 437 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4032  HipA domain-containing protein  27.16 
 
 		 444 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.716492 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2253  HipA domain-containing protein  26.86 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00653025  normal  0.641538 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1137  hypothetical protein  23.64 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.185234  normal  0.0419305 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2873  HipA N-terminal domain protein  24.5 
 
 		 396 aa  67  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2033  HipA domain-containing protein  23.34 
 
 		 435 aa  67  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420759 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0495  hypothetical protein  41.75 
 
 		 109 aa  66.6  0.0000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1802  transcriptional regulator, HipA-like  24.41 
 
 		 440 aa  67  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0307  HipA-like protein  24.4 
 
 		 435 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0402  hypothetical protein  42.11 
 
 		 96 aa  66.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1930  hypothetical protein  28.53 
 
 		 449 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4814  protein HipA  25.64 
 
 		 442 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1825  HipA N-terminal domain protein  24.5 
 
 		 415 aa  64.3  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.401045  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2301  HipA domain-containing protein  27.9 
 
 		 437 aa  63.5  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.752319  normal  0.112429 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0521  HipA domain-containing protein  25.72 
 
 		 422 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3103  HipA domain-containing protein  27.74 
 
 		 449 aa  62.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.891938  normal  0.0171955 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2261  HipA N-terminal domain protein  25.79 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.573422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1299  HipA domain protein  26.15 
 
 		 395 aa  62.4  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3846  HipA domain-containing protein  24.08 
 
 		 439 aa  63.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0494  hypothetical protein  23.84 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2649  HipA-like  26.9 
 
 		 447 aa  62  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1916  putative regulatory protein  24.57 
 
 		 441 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30640  HipA protein  27.13 
 
 		 433 aa  61.2  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0511  HipA-like  24.35 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0104648  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5430  HipA N-terminal domain protein  30.61 
 
 		 439 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.875392 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2351  protein HipA  26.83 
 
 		 435 aa  60.1  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3446  HipA domain-containing protein  22.56 
 
 		 617 aa  59.7  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0650  HipA domain-containing protein  26.64 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2046  HipA domain protein  33.33 
 
 		 251 aa  59.3  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1477  HipA domain-containing protein  26.12 
 
 		 441 aa  58.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5391  HipA domain-containing protein  25.18 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326211  hitchhiker  0.00843465 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0670  HipA N-terminal domain protein  25.09 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2443  HipA protein  24.08 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.793431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0678  HipA domain-containing protein  26.52 
 
 		 433 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2291  hypothetical protein  34.95 
 
 		 102 aa  57.4  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3330  putative regulatory protein  25.31 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.872604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1137  HipA domain-containing protein  23.06 
 
 		 426 aa  57  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.965885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0482  hypothetical protein  24.93 
 
 		 524 aa  56.2  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5912  HipA domain protein  26.46 
 
 		 410 aa  55.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4244  HipA N-terminal domain protein  23.06 
 
 		 439 aa  55.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0858  hypothetical protein  36 
 
 		 111 aa  55.5  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000215175 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4800  HipA N-terminal domain protein  23.63 
 
 		 453 aa  55.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3700  HipA N-terminal domain protein  23.98 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.717858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3395  HipA domain-containing protein  29.25 
 
 		 433 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252233 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0558  HipA domain-containing protein  29.25 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0495  HipA domain-containing protein  24.23 
 
 		 411 aa  53.9  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0672  HipA domain-containing protein  26.28 
 
 		 457 aa  53.5  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0157438  decreased coverage  0.000108623 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3372  HipA domain-containing protein  23.81 
 
 		 382 aa  53.5  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2057  HipA domain protein  25 
 
 		 421 aa  53.1  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0152  HipA N-terminal domain protein  31.43 
 
 		 109 aa  52.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0706  hypothetical protein  28.77 
 
 		 433 aa  52.8  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0242  HipA-like-like  28.28 
 
 		 526 aa  52.8  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.430358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03586  HipA  22.03 
 
 		 425 aa  53.1  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1275  hypothetical protein  30.3 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.370797  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4225  hypothetical protein  25.58 
 
 		 443 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.43643 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4571  HipA domain-containing protein  23.68 
 
 		 435 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000268892 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2167  HipA N-terminal domain protein  34.26 
 
 		 107 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0107029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0337  HipA-like  23.56 
 
 		 440 aa  51.6  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.228503 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4056  HipA-like  23.8 
 
 		 613 aa  51.6  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.970389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>