158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0479 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0706  hypothetical protein  70.67 
 
 		 433 aa  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3395  HipA domain-containing protein  71.36 
 
 		 433 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252233 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0558  HipA domain-containing protein  71.87 
 
 		 423 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0479  HipA domain-containing protein  100 
 
 		 433 aa  892    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0650  HipA domain-containing protein  71.36 
 
 		 433 aa  661    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0678  HipA domain-containing protein  71.59 
 
 		 433 aa  662    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0670  HipA N-terminal domain protein  71.36 
 
 		 433 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0375  HipA domain-containing protein  55.99 
 
 		 434 aa  519  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000772638 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4571  HipA domain-containing protein  56.32 
 
 		 435 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000268892 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1915  hypothetical protein  44.88 
 
 		 431 aa  369  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4540  HipA domain-containing protein  39.45 
 
 		 450 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5134  HipA domain-containing protein  40.14 
 
 		 450 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.868376  normal  0.708085 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1068  HipA domain-containing protein  38.58 
 
 		 453 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.579198 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0282  HipA domain-containing protein  38.53 
 
 		 451 aa  277  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5936  HipA N-terminal domain protein  39.13 
 
 		 456 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0292  HipA N-terminal domain protein  33.53 
 
 		 414 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30640  HipA protein  34.16 
 
 		 433 aa  155  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0139  HipA N-terminal domain protein  32.59 
 
 		 460 aa  150  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0511  HipA-like  30.26 
 
 		 422 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0104648  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2712  putative HipA protein  31.25 
 
 		 418 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.610569 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2301  HipA domain-containing protein  28.74 
 
 		 437 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.752319  normal  0.112429 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5391  HipA domain-containing protein  30.85 
 
 		 440 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326211  hitchhiker  0.00843465 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3372  HipA domain-containing protein  28.5 
 
 		 382 aa  130  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1919  HipA N-terminal domain protein  29.97 
 
 		 430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109564  normal  0.999152 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2281  protein related to capsule biosynthesis enzymes, HipA-like  31.08 
 
 		 430 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1756  HipA N-terminal domain protein  28.61 
 
 		 461 aa  127  5e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1252  HipA-like  29.5 
 
 		 434 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6580  HipA domain-containing protein  29.5 
 
 		 434 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6255  HipA domain-containing protein  30.47 
 
 		 434 aa  123  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6540  HipA domain-containing protein  29.5 
 
 		 434 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5679  HipA domain-containing protein  27.76 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0617  HipA-like  28.98 
 
 		 416 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0521  HipA domain-containing protein  27.1 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0064  HipA protein, DNA binding regulator  29.87 
 
 		 434 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4151  transposase, IS4 family protein  28.71 
 
 		 435 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0156  HipA-like protein  27.79 
 
 		 433 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0383905  hitchhiker  0.00201616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1444  hypothetical protein  27.83 
 
 		 454 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03586  HipA  27.73 
 
 		 425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2033  HipA domain-containing protein  27.78 
 
 		 435 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2578  HipA domain-containing protein  30.77 
 
 		 435 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0920682  hitchhiker  0.0000863412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2612  HipA domain-containing protein  30.77 
 
 		 435 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0398407  hitchhiker  0.000000000000030159 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0359  hypothetical protein  30.84 
 
 		 427 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2160  HipA domain-containing protein  32.56 
 
 		 449 aa  113  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2897  HipA N-terminal domain protein  27.74 
 
 		 439 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2351  protein HipA  28.77 
 
 		 435 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3421  HipA N-terminal domain protein  27.32 
 
 		 412 aa  110  6e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1802  transcriptional regulator, HipA-like  29.6 
 
 		 440 aa  109  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4225  hypothetical protein  29.73 
 
 		 443 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.43643 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27630  HipA domain-containing protein  28.8 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.180686  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4244  HipA N-terminal domain protein  27.49 
 
 		 439 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4153  hypothetical protein  26.37 
 
 		 450 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4520  HipA domain-containing protein  27.27 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1477  HipA domain-containing protein  28.8 
 
 		 441 aa  103  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01469  regulator with hipB  26.47 
 
 		 440 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2139  HipA N-terminal domain protein  26.47 
 
 		 440 aa  102  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00420525  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01479  hypothetical protein  26.47 
 
 		 440 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1590  protein HipA  26.47 
 
 		 440 aa  102  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.943886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2150  HipA domain-containing protein  26.47 
 
 		 440 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2443  HipA protein  28.85 
 
 		 435 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.793431  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4059  hypothetical protein  30 
 
 		 451 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0337  HipA-like  27.31 
 
 		 440 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.228503 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1446  putative HIPA transcription regulator protein  27.67 
 
 		 445 aa  97.1  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0497  HipA domain-containing protein  27.92 
 
 		 438 aa  96.7  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5635  HipA domain-containing protein  27.09 
 
 		 447 aa  96.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.525846  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5917  HipA N-terminal domain protein  29.6 
 
 		 445 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2261  HipA N-terminal domain protein  27.55 
 
 		 419 aa  95.5  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.573422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4814  protein HipA  27.07 
 
 		 442 aa  92.8  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3947  HipA-like protein  28.74 
 
 		 446 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1366  hypothetical protein  29.6 
 
 		 444 aa  92.8  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4901  HipA N-terminal domain protein  26.67 
 
 		 446 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.069886  normal  0.125288 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1224  HipA N-terminal domain protein  24.58 
 
 		 480 aa  92.4  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.581012  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6086  HipA N-terminal domain protein  28.49 
 
 		 446 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1916  putative regulatory protein  25.35 
 
 		 441 aa  92  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1137  HipA domain-containing protein  28.41 
 
 		 426 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.965885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3700  HipA N-terminal domain protein  28.57 
 
 		 444 aa  90.1  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.717858  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2121  protein HipA  30.3 
 
 		 351 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0307  HipA-like protein  26.07 
 
 		 435 aa  89.7  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1623  uncharacterized protein related to capsule biosynthesis enzyme-like  27.33 
 
 		 446 aa  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00823603  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5532  HipA domain-containing protein  26.67 
 
 		 380 aa  89.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0132432 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4275  HipA domain-containing protein  27.41 
 
 		 444 aa  89  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.221231 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3754  HipA N-terminal domain protein  27.39 
 
 		 418 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4225  HipA domain-containing protein  26.45 
 
 		 444 aa  87.8  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3971  HipA-like  28.98 
 
 		 446 aa  87.4  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5959  HipA domain-containing protein  28.98 
 
 		 446 aa  87  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5805  HipA domain-containing protein  26.33 
 
 		 413 aa  87  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3330  putative regulatory protein  26.36 
 
 		 450 aa  86.7  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.872604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3807  HipA domain-containing protein  27.1 
 
 		 444 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.42944 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3846  HipA domain-containing protein  26.5 
 
 		 439 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1621  HipA N-terminal domain protein  28.29 
 
 		 437 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0093  HipA N-terminal domain protein  27.08 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0648821  normal  0.0261273 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2253  HipA domain-containing protein  27.3 
 
 		 437 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00653025  normal  0.641538 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0403  HipA domain-containing protein  27.17 
 
 		 430 aa  84  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03630  HipA domain-containing protein  25.34 
 
 		 427 aa  83.6  0.000000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.524354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1548  HipA domain-containing protein  25.42 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0470095 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6813  HipA N-terminal domain protein  25.18 
 
 		 418 aa  83.2  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4396  HipA domain-containing protein  28.66 
 
 		 446 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3972  HipA domain-containing protein  27.19 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0550  HipA N-terminal domain protein  26.65 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1593  hipA protein  28.75 
 
 		 450 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2002  hipA protein  28.75 
 
 		 450 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>