More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_2294 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_2294  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  100 
 
 
518 aa  1050    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0270  putative PAS/PAC sensor protein  34.47 
 
 
630 aa  120  7.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.525809  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1158  putative PAS/PAC sensor protein  32.33 
 
 
753 aa  107  8e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  51.96 
 
 
888 aa  104  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1355  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.47 
 
 
582 aa  100  8e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.11 
 
 
1276 aa  100  9e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0006  putative PAS/PAC sensor protein  35.59 
 
 
412 aa  96.7  8e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.533638  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1440  putative PAS/PAC sensor protein  31.13 
 
 
477 aa  94  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 
1090 aa  92.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1068 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 
1090 aa  92.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  25.94 
 
 
803 aa  90.9  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  36 
 
 
598 aa  88.6  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0421  putative PAS/PAC sensor protein  56.16 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.192636  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.16 
 
 
1721 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  29.13 
 
 
906 aa  80.5  0.00000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2010  putative PAS/PAC sensor protein  28.64 
 
 
462 aa  80.1  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1139  putative PAS/PAC sensor protein  39.78 
 
 
378 aa  79.7  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  30.49 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2251  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.21 
 
 
351 aa  78.2  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.258726 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0700  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.41 
 
 
1419 aa  76.3  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.81616  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1147  putative PAS/PAC sensor protein  34.96 
 
 
340 aa  76.6  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 
1484 aa  76.3  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1107  putative PAS/PAC sensor protein  27.62 
 
 
449 aa  76.6  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.316445  normal  0.383649 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0440  putative PAS/PAC sensor protein  33.83 
 
 
686 aa  75.9  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1413  putative PAS/PAC sensor protein  23.98 
 
 
1251 aa  75.5  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.629832 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.15 
 
 
1275 aa  75.1  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
1399 aa  75.1  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  28.04 
 
 
603 aa  75.1  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.28 
 
 
591 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2968  putative PAS/PAC sensor protein  28.25 
 
 
479 aa  74.3  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  30.69 
 
 
1477 aa  74.3  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1247  multisensor signal transduction histidine kinase  21.61 
 
 
607 aa  74.3  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000186928  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
1406 aa  73.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2686  putative PAS/PAC sensor protein  40.95 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.209027 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1417  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 
1055 aa  71.2  0.00000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0587691  normal  0.569805 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  27.48 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 
931 aa  70.9  0.00000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.57 
 
 
896 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.942872  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 
1758 aa  70.1  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0157  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
1329 aa  69.7  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.82 
 
 
1251 aa  68.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2986  putative PAS/PAC sensor protein  25.91 
 
 
474 aa  68.9  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1253  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.02 
 
 
638 aa  67.4  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228716  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.63 
 
 
1398 aa  67.4  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.21 
 
 
1397 aa  67  0.0000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.29 
 
 
1252 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.758591 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.08 
 
 
709 aa  65.9  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  27.83 
 
 
617 aa  65.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  24.08 
 
 
483 aa  64.3  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2947  putative PAS/PAC sensor protein  28.1 
 
 
598 aa  63.9  0.000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  25.73 
 
 
912 aa  63.5  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2596  putative PAS/PAC sensor protein  34.82 
 
 
569 aa  63.5  0.000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.93 
 
 
1039 aa  63.2  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  28.16 
 
 
1258 aa  62.4  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.56 
 
 
819 aa  62  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0368  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.3 
 
 
695 aa  60.8  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0590374 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  27.84 
 
 
504 aa  60.8  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  23.86 
 
 
632 aa  60.1  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  23.64 
 
 
896 aa  60.1  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  20.63 
 
 
1040 aa  59.7  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.76 
 
 
1692 aa  60.1  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.93 
 
 
1177 aa  59.7  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3772  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.62 
 
 
934 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.47 
 
 
819 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.19 
 
 
801 aa  58.9  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.6 
 
 
1262 aa  58.2  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.2 
 
 
881 aa  58.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.144033  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2092  putative PAS/PAC sensor protein  27.33 
 
 
628 aa  57.8  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.180005  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4715  multi-sensor hybrid histidine kinase  20.76 
 
 
1350 aa  57.4  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.726459  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.2 
 
 
878 aa  57.4  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0864607  normal  0.185142 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
1000 aa  57  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.420098  normal  0.0858273 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
2072 aa  57  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.55 
 
 
1248 aa  56.6  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.23 
 
 
1301 aa  56.6  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1434  putative PAS/PAC sensor protein  34.83 
 
 
239 aa  55.8  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  27.82 
 
 
554 aa  55.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1389  GGDEF domain-containing protein  27.89 
 
 
888 aa  55.5  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.109135  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4240  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.44 
 
 
1064 aa  55.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  26.72 
 
 
613 aa  55.1  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.81 
 
 
1363 aa  55.5  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
932 aa  55.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  23.48 
 
 
884 aa  55.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1970  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.49 
 
 
602 aa  54.3  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.316288  normal  0.365319 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  27.98 
 
 
1379 aa  54.3  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  35.79 
 
 
1061 aa  54.3  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1514  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.51 
 
 
1253 aa  54.3  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.841858  normal  0.0475592 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0281  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.63 
 
 
700 aa  53.9  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.63 
 
 
878 aa  53.9  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.63 
 
 
878 aa  53.9  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.63 
 
 
878 aa  53.9  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2493  PAS sensor protein  30.69 
 
 
394 aa  53.1  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0714891  decreased coverage  0.00496497 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2729  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.48 
 
 
702 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.346218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.59 
 
 
921 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4765  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.35 
 
 
1074 aa  52.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000523741 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
499 aa  52.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1214 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.33 
 
 
792 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.89 
 
 
965 aa  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0332193  normal  0.80092 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2986  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 
1228 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.387618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>