More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1355 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_1355  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  100 
 
 
582 aa  1177    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1158  putative PAS/PAC sensor protein  49.62 
 
 
753 aa  381  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0270  putative PAS/PAC sensor protein  32.45 
 
 
630 aa  277  4e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.525809  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  39.36 
 
 
888 aa  251  3e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  29.27 
 
 
906 aa  108  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2294  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.47 
 
 
518 aa  100  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1366  probable regulatory protein, LuxR domain protein  31.44 
 
 
324 aa  99.4  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2251  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.49 
 
 
351 aa  95.9  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.258726 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2294  histidine kinase  36.88 
 
 
381 aa  92.8  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.02124  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0053  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
968 aa  90.9  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0499  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  34.08 
 
 
933 aa  90.1  9e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.292591  normal  0.21261 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  25.44 
 
 
603 aa  89.4  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1139  putative PAS/PAC sensor protein  47.13 
 
 
378 aa  87.8  5e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1769  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  27.51 
 
 
1343 aa  87.4  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.221131  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.97 
 
 
1276 aa  86.7  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0421  putative PAS/PAC sensor protein  58.9 
 
 
357 aa  85.1  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.192636  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2443  histidine kinase  29.91 
 
 
578 aa  84.7  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2710  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.52 
 
 
585 aa  83.2  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.132036  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  29.6 
 
 
598 aa  83.2  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4237  putative PAS/PAC sensor protein  38.14 
 
 
843 aa  82.4  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.28007  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1440  putative PAS/PAC sensor protein  29.67 
 
 
477 aa  82.4  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
655 aa  82  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1147  putative PAS/PAC sensor protein  31.65 
 
 
340 aa  81.3  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1107  putative PAS/PAC sensor protein  43.82 
 
 
449 aa  80.5  0.00000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.316445  normal  0.383649 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
1383 aa  80.5  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 
759 aa  79  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  24.23 
 
 
754 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0006  putative PAS/PAC sensor protein  30.86 
 
 
412 aa  79  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.533638  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  36.43 
 
 
746 aa  77  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.49 
 
 
947 aa  77  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0440  putative PAS/PAC sensor protein  25.56 
 
 
686 aa  76.6  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.18 
 
 
1068 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  34.09 
 
 
918 aa  75.9  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
873 aa  75.9  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2968  putative PAS/PAC sensor protein  27.73 
 
 
479 aa  74.3  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3193  putative PAS/PAC sensor protein  29.22 
 
 
969 aa  74.3  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  29 
 
 
1350 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1945  putative PAS/PAC sensor protein  29.41 
 
 
676 aa  73.9  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 
1226 aa  73.6  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 
884 aa  73.2  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.26 
 
 
933 aa  72.8  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 
1557 aa  73.2  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
557 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.05 
 
 
468 aa  72  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0688  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.68 
 
 
951 aa  72  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00399648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 
637 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1417  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
1055 aa  71.6  0.00000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0587691  normal  0.569805 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1328  histidine kinase  32.32 
 
 
672 aa  71.2  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2531  sensory box histidine kinase  27.83 
 
 
1053 aa  71.2  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.606569  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 
438 aa  71.2  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.09 
 
 
1047 aa  70.9  0.00000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.92 
 
 
1478 aa  70.5  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
781 aa  70.5  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.65 
 
 
1399 aa  69.7  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
1758 aa  70.1  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2678  putative PAS/PAC sensor protein  29.55 
 
 
225 aa  68.9  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.178712  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.58 
 
 
1009 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1236  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
692 aa  68.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 
748 aa  68.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1820  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.38 
 
 
780 aa  68.6  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00145182  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  23.88 
 
 
1248 aa  68.2  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
628 aa  68.2  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.97 
 
 
817 aa  68.2  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4895  DNA polymerase beta domain protein region  31.06 
 
 
254 aa  67.8  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.856716 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0317  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 
504 aa  67.8  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.113715  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 
1363 aa  67  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1527  signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 
1227 aa  66.6  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.823974 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  35.05 
 
 
336 aa  66.6  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
801 aa  67  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  24.47 
 
 
917 aa  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.06 
 
 
450 aa  65.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1487  signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 
924 aa  65.9  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.588746 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.45 
 
 
1648 aa  65.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2686  putative PAS/PAC sensor protein  27.14 
 
 
337 aa  65.5  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.209027 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.21 
 
 
843 aa  65.1  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.79 
 
 
984 aa  65.1  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279424  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
903 aa  64.7  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.644945  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1767  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.47 
 
 
1157 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
593 aa  64.3  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.57 
 
 
1222 aa  64.3  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0520121 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.18 
 
 
819 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0266  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
736 aa  63.9  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.57 
 
 
1051 aa  63.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  25.14 
 
 
1676 aa  63.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 
819 aa  63.5  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.97 
 
 
896 aa  63.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1762  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 
830 aa  63.2  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.89 
 
 
408 aa  63.2  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0229  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 
1138 aa  63.5  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1572  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.01 
 
 
574 aa  63.5  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  39.56 
 
 
340 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2986  putative PAS/PAC sensor protein  27.6 
 
 
474 aa  62.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  28.33 
 
 
1589 aa  62.4  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.49 
 
 
1051 aa  62  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
1390 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.06 
 
 
832 aa  61.6  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0727  putative signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 
476 aa  61.6  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
807 aa  61.6  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4420  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.59 
 
 
922 aa  61.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0348998  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3657  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.55 
 
 
478 aa  61.6  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>