More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1139 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_1139  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
378 aa  778    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2251  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.46 
 
 
351 aa  206  7e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.258726 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1107  putative PAS/PAC sensor protein  33.12 
 
 
449 aa  171  2e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.316445  normal  0.383649 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1635  putative PAS/PAC sensor protein  41.67 
 
 
374 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.143018  hitchhiker  0.00206871 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3533  putative PAS/PAC sensor protein  45.45 
 
 
410 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  29.23 
 
 
906 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
673 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  29.18 
 
 
888 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0270  putative PAS/PAC sensor protein  44.26 
 
 
630 aa  111  3e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.525809  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1158  putative PAS/PAC sensor protein  37.64 
 
 
753 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0991  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.99 
 
 
607 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.964598 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
677 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  32.34 
 
 
598 aa  101  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0836  putative PAS/PAC sensor protein  27.59 
 
 
487 aa  99.8  7e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  26.1 
 
 
603 aa  98.6  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  35.9 
 
 
586 aa  96.3  8e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0157  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
1329 aa  93.2  6e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0701  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.58 
 
 
540 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0421  putative PAS/PAC sensor protein  56.34 
 
 
357 aa  92  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.192636  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.38 
 
 
1065 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.612472  normal  0.56879 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0440  putative PAS/PAC sensor protein  37.88 
 
 
686 aa  90.5  4e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  27.9 
 
 
692 aa  89.7  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2968  putative PAS/PAC sensor protein  26.11 
 
 
479 aa  89.7  8e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0006  putative PAS/PAC sensor protein  31.09 
 
 
412 aa  88.6  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.533638  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1355  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  47.13 
 
 
582 aa  87.8  3e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1417  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.28 
 
 
1055 aa  87.4  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0587691  normal  0.569805 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.71 
 
 
921 aa  87  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 
883 aa  86.7  7e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
1050 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.71 
 
 
484 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.58 
 
 
617 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1147  putative PAS/PAC sensor protein  36.72 
 
 
340 aa  82  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
499 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.5 
 
 
927 aa  82  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.76 
 
 
951 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.62 
 
 
871 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 
1758 aa  82  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.62 
 
 
1561 aa  81.3  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.05 
 
 
844 aa  80.9  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4116  putative PAS/PAC sensor protein  35.66 
 
 
982 aa  80.9  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.147835  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2986  putative PAS/PAC sensor protein  28.37 
 
 
474 aa  80.5  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  28.05 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1464  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
663 aa  79.7  0.00000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2294  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  39.78 
 
 
518 aa  79.7  0.00000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1985  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.65 
 
 
650 aa  79.7  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.14 
 
 
979 aa  79.7  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.34 
 
 
1665 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 
1399 aa  79.3  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  26.97 
 
 
852 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
1138 aa  78.2  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
1276 aa  78.6  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  43.27 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.88 
 
 
496 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  27.78 
 
 
823 aa  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
715 aa  77.8  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  24.1 
 
 
613 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 
852 aa  77.4  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1728  putative PAS/PAC sensor protein  27.64 
 
 
1171 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00367624  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.77 
 
 
655 aa  77  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 
725 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 
642 aa  77  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  24.68 
 
 
1258 aa  76.6  0.0000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2875  putative PAS/PAC sensor protein  25.1 
 
 
707 aa  76.3  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.510483  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0693  sensory box histidine kinase  26.56 
 
 
602 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.958566  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.94 
 
 
1275 aa  75.9  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  25.37 
 
 
1063 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  24.75 
 
 
842 aa  75.9  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  23.6 
 
 
1019 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.83 
 
 
1313 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  26.47 
 
 
1245 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.67 
 
 
926 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.03 
 
 
896 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1651  PAS sensor protein  26.33 
 
 
895 aa  75.1  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0093  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 
856 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  24.83 
 
 
1101 aa  74.3  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 
981 aa  74.3  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  27.95 
 
 
771 aa  74.3  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0463  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 
1314 aa  74.3  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.332875  normal  0.985136 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.78 
 
 
461 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.77 
 
 
1282 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2686  putative PAS/PAC sensor protein  40.96 
 
 
337 aa  73.9  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.209027 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2691  putative PAS/PAC sensor protein  23.43 
 
 
385 aa  73.9  0.000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.10412 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.35 
 
 
661 aa  73.6  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1440  putative PAS/PAC sensor protein  40.4 
 
 
477 aa  73.6  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.95 
 
 
1245 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0595  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
473 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.57 
 
 
1369 aa  73.2  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1833  putative PAS/PAC sensor protein  33.85 
 
 
560 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.57 
 
 
862 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  24.11 
 
 
976 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.72 
 
 
654 aa  71.6  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.84 
 
 
648 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
2072 aa  71.6  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.03 
 
 
983 aa  72  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.77 
 
 
738 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2475  putative PAS/PAC sensor protein  26.22 
 
 
626 aa  72  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.732483  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  25.38 
 
 
853 aa  71.2  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  24.15 
 
 
1276 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2132  bacteriophytochrome-like protein  24.08 
 
 
727 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205555  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.15 
 
 
1276 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>