More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2980 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
221 aa  435  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  74.06 
 
 
220 aa  314  7e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  69.12 
 
 
226 aa  310  1e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.46 
 
 
220 aa  308  5e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  72.6 
 
 
230 aa  305  2.0000000000000002e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.97 
 
 
240 aa  298  4e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  70 
 
 
223 aa  295  3e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.66 
 
 
231 aa  291  5e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.49 
 
 
223 aa  288  3e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  69.12 
 
 
218 aa  286  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.3 
 
 
221 aa  285  2.9999999999999996e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.14 
 
 
241 aa  280  2e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.25 
 
 
223 aa  275  5e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.29 
 
 
225 aa  272  3e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.46 
 
 
234 aa  270  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.37 
 
 
224 aa  268  4e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.37 
 
 
224 aa  268  4e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.37 
 
 
224 aa  268  4e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.23 
 
 
222 aa  267  1e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.93 
 
 
224 aa  264  7e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.16 
 
 
220 aa  264  8e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.52 
 
 
221 aa  263  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  65.44 
 
 
228 aa  258  5.0000000000000005e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454647  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.77 
 
 
219 aa  258  6e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.37 
 
 
232 aa  253  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.28 
 
 
216 aa  253  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.28 
 
 
229 aa  252  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.45 
 
 
222 aa  251  5.000000000000001e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.45 
 
 
221 aa  250  2e-65  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.1 
 
 
228 aa  244  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.4 
 
 
222 aa  244  6e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.66 
 
 
228 aa  244  8e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.16 
 
 
229 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.14 
 
 
226 aa  228  5e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.21 
 
 
226 aa  224  6e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.21 
 
 
254 aa  224  7e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.81 
 
 
236 aa  222  4e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.54 
 
 
219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
221 aa  203  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
221 aa  201  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
221 aa  201  5e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
214 aa  199  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
214 aa  198  3.9999999999999996e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
221 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  5e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  5e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  5e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  5e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  5e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
214 aa  198  7e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
221 aa  197  9e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
216 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.47 
 
 
218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.66 
 
 
217 aa  196  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
221 aa  195  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.7 
 
 
214 aa  194  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.35 
 
 
226 aa  192  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.35 
 
 
226 aa  192  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
221 aa  191  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.01 
 
 
224 aa  190  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.87 
 
 
220 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
217 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.41 
 
 
224 aa  188  5.999999999999999e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.22 
 
 
229 aa  188  5.999999999999999e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.95 
 
 
227 aa  187  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.23 
 
 
217 aa  186  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50761  D-ribulose-5-phosphate 3- epimerase  42.66 
 
 
232 aa  187  2e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.93 
 
 
217 aa  186  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.15 
 
 
221 aa  185  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.76 
 
 
220 aa  185  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.76 
 
 
220 aa  185  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.24 
 
 
226 aa  184  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.82 
 
 
230 aa  184  9e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.21 
 
 
223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.32 
 
 
230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.13 
 
 
215 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.69 
 
 
238 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.92 
 
 
222 aa  182  3e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.66 
 
 
225 aa  182  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.99 
 
 
219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  39.53 
 
 
217 aa  181  7e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.79 
 
 
243 aa  181  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.3 
 
 
247 aa  181  8.000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.05 
 
 
236 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.3 
 
 
232 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
229 aa  181  9.000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
218 aa  180  1e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.78 
 
 
220 aa  180  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.55 
 
 
228 aa  180  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1504  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.86 
 
 
219 aa  180  1e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0207643  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0163  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.54 
 
 
241 aa  181  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.468376  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.08 
 
 
224 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1994  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.36 
 
 
229 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.29 
 
 
223 aa  179  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.59 
 
 
225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.59 
 
 
225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>