More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2446 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
220 aa  442  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.59 
 
 
231 aa  309  2e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  69.27 
 
 
218 aa  304  8.000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.12 
 
 
223 aa  290  1e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.78 
 
 
219 aa  286  2e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  67.91 
 
 
223 aa  278  4e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.35 
 
 
221 aa  272  3e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  65.58 
 
 
230 aa  272  3e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.04 
 
 
240 aa  271  6e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.21 
 
 
221 aa  270  1e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.89 
 
 
220 aa  268  2.9999999999999997e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.04 
 
 
226 aa  266  1e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.58 
 
 
222 aa  266  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.11 
 
 
228 aa  256  1e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454647  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.15 
 
 
241 aa  255  3e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.07 
 
 
220 aa  254  7e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  64.22 
 
 
221 aa  254  8e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.09 
 
 
225 aa  241  7e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.84 
 
 
222 aa  239  2e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.63 
 
 
234 aa  238  5e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.19 
 
 
229 aa  238  6.999999999999999e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.7 
 
 
224 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.7 
 
 
224 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.7 
 
 
224 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.42 
 
 
222 aa  234  5.0000000000000005e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.14 
 
 
228 aa  233  2.0000000000000002e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
229 aa  231  7.000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.05 
 
 
224 aa  231  8.000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.67 
 
 
221 aa  230  1e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
236 aa  229  2e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
216 aa  229  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.3 
 
 
223 aa  228  4e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.28 
 
 
232 aa  227  1e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.07 
 
 
228 aa  227  1e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.57 
 
 
254 aa  221  9e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.71 
 
 
221 aa  214  7e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.71 
 
 
221 aa  214  7e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.64 
 
 
221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.73 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.73 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.73 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.42 
 
 
226 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.73 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.73 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.73 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.75 
 
 
214 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.82 
 
 
214 aa  211  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.27 
 
 
214 aa  211  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.95 
 
 
226 aa  210  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.82 
 
 
214 aa  209  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.82 
 
 
214 aa  209  4e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.59 
 
 
216 aa  202  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.82 
 
 
221 aa  202  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0156  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
223 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.05 
 
 
229 aa  201  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.17 
 
 
221 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0177  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.165855  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
219 aa  198  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.25 
 
 
221 aa  198  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.82 
 
 
220 aa  198  5e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.79 
 
 
221 aa  197  7e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.92 
 
 
220 aa  197  9e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.82 
 
 
218 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.89 
 
 
219 aa  195  5.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.89 
 
 
225 aa  194  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.08 
 
 
224 aa  194  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.33 
 
 
232 aa  194  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.59 
 
 
228 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 
224 aa  191  5e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.23 
 
 
224 aa  191  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.25 
 
 
225 aa  191  7e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.25 
 
 
225 aa  191  9e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.7 
 
 
224 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.2 
 
 
224 aa  190  1e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
219 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0481  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.28 
 
 
215 aa  191  1e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.12 
 
 
224 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
226 aa  189  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.72 
 
 
218 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
226 aa  189  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46660  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.76 
 
 
224 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.21 
 
 
227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.66 
 
 
221 aa  189  4e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.55 
 
 
230 aa  187  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.87 
 
 
218 aa  188  7e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0494  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.58 
 
 
232 aa  187  8e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4787  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.7 
 
 
224 aa  187  9e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.750334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0508  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
228 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.471552  normal  0.840535 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0082  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.72 
 
 
228 aa  187  1e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.51 
 
 
219 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.87 
 
 
223 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.38 
 
 
232 aa  187  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.79 
 
 
217 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.79 
 
 
243 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.83 
 
 
224 aa  187  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  39.44 
 
 
221 aa  186  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2328  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.54 
 
 
228 aa  186  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.377828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2858  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
228 aa  186  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>