More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0494 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0494  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 		 232 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  77.09 
 
 		 226 aa  357  7e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  77.09 
 
 		 226 aa  357  7e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0532  ribulose-phosphate 3-epimerase  78.83 
 
 		 238 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3660  ribulose-phosphate 3-epimerase  81.61 
 
 		 230 aa  356  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  77.53 
 
 		 227 aa  355  3.9999999999999996e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.13 
 
 		 228 aa  347  7e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4466  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  81.06 
 
 		 231 aa  347  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  73.8 
 
 		 232 aa  342  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.18 
 
 		 225 aa  338  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0438  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  78.73 
 
 		 226 aa  336  1.9999999999999998e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.440703 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3466  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  71.62 
 
 		 229 aa  330  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0874335  normal  0.826504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0587  ribulose-phosphate 3-epimerase  76.34 
 
 		 226 aa  321  7e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.22 
 
 		 225 aa  305  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.22 
 
 		 225 aa  305  3e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.22 
 
 		 225 aa  305  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.33 
 
 		 225 aa  305  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.241717  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4601  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.52 
 
 		 225 aa  302  3.0000000000000004e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.361738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0163  Ribulose-phosphate 3-epimerase  63.09 
 
 		 241 aa  302  3.0000000000000004e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.468376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.32 
 
 		 228 aa  302  3.0000000000000004e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0479  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.16 
 
 		 224 aa  300  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.64 
 
 		 227 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.04 
 
 		 238 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0446  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.13 
 
 		 224 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.338349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0449  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.13 
 
 		 224 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4787  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.68 
 
 		 224 aa  298  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.750334 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0219  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.89 
 
 		 224 aa  298  4e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0486776 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3692  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.47 
 
 		 225 aa  298  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0415  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.13 
 
 		 255 aa  298  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545723  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0292  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.47 
 
 		 225 aa  298  6e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.78 
 
 		 224 aa  298  6e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3700  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.49 
 
 		 236 aa  298  7e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.04 
 
 		 243 aa  297  8e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0346  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.89 
 
 		 224 aa  296  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4259  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.47 
 
 		 224 aa  297  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0110433 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.78 
 
 		 224 aa  296  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0244  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.89 
 
 		 224 aa  297  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.61 
 
 		 227 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0253  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.47 
 
 		 225 aa  297  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3888  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.04 
 
 		 225 aa  296  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.384968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4077  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.6 
 
 		 224 aa  295  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2492  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.33 
 
 		 223 aa  295  5e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 230 aa  295  5e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.13 
 
 		 234 aa  294  7e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.23 
 
 		 224 aa  294  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4195  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.16 
 
 		 224 aa  294  9e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3997  Ribulose-phosphate 3-epimerase  64.16 
 
 		 224 aa  294  9e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4107  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.16 
 
 		 224 aa  294  9e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.887514  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5120  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.78 
 
 		 224 aa  293  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0167  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.95 
 
 		 222 aa  293  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  63 
 
 		 224 aa  293  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0156  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.96 
 
 		 223 aa  293  2e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3362  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.34 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0177  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.41 
 
 		 223 aa  292  3e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.165855  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.74 
 
 		 228 aa  292  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.78 
 
 		 224 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.43 
 
 		 228 aa  292  4e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0465  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.74 
 
 		 228 aa  291  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.710301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3799  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.39 
 
 		 225 aa  291  5e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0659  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.56 
 
 		 228 aa  291  5e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0441  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.74 
 
 		 228 aa  291  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0508  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.74 
 
 		 228 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.471552  normal  0.840535 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  63 
 
 		 225 aa  291  6e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  61.47 
 
 		 229 aa  291  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2858  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.74 
 
 		 228 aa  291  8e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0267  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.68 
 
 		 222 aa  291  8e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.137082  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00503  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.56 
 
 		 239 aa  290  9e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1715  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.22 
 
 		 229 aa  290  1e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1994  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.3 
 
 		 229 aa  290  1e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0381  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.11 
 
 		 223 aa  290  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03238  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0327  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4690  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3682  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.341104  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3789  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3855  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004029  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3582  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.111758  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3763  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0483274  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0327  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204958  normal  0.201128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3662  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383295  normal  0.0239622 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03190  hypothetical protein  62.95 
 
 		 225 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3851  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.96 
 
 		 236 aa  289  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3755  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3680  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 225 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0149  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.52 
 
 		 241 aa  288  5.0000000000000004e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0584  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.9 
 
 		 236 aa  288  6e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.821706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.24 
 
 		 233 aa  287  9e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46660  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.78 
 
 		 224 aa  287  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.71 
 
 		 228 aa  286  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3879  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.33 
 
 		 225 aa  286  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2364  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.74 
 
 		 229 aa  286  2e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4056  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.33 
 
 		 225 aa  286  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00103124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60 
 
 		 220 aa  285  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  60 
 
 		 220 aa  285  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2879  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.05 
 
 		 242 aa  285  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.403873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.95 
 
 		 223 aa  285  5e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1057  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.5 
 
 		 223 aa  285  5e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0312064  normal  0.484494 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2328  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.4 
 
 		 228 aa  285  5e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.377828  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3176  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.24 
 
 		 266 aa  285  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>