More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2848 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.32 
 
 		 228 aa  305  3e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.77 
 
 		 226 aa  305  3e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.37 
 
 		 227 aa  305  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  65.77 
 
 		 226 aa  305  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 243 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0465  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 228 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.710301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 228 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0441  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 228 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.11 
 
 		 232 aa  302  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0508  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 228 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.471552  normal  0.840535 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2858  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 228 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.66 
 
 		 221 aa  300  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.47 
 
 		 238 aa  299  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2756  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.77 
 
 		 241 aa  299  3e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.92 
 
 		 221 aa  298  3e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.92 
 
 		 221 aa  298  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.57 
 
 		 227 aa  298  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3121  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.77 
 
 		 241 aa  298  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.798582  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.68 
 
 		 225 aa  298  6e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3176  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.29 
 
 		 266 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  65.91 
 
 		 230 aa  296  1e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.96 
 
 		 227 aa  295  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.29 
 
 		 233 aa  295  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  69.63 
 
 		 220 aa  295  4e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2879  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.64 
 
 		 242 aa  295  5e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.403873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0532  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.16 
 
 		 238 aa  294  6e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0535  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.02 
 
 		 231 aa  291  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.353597  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.02 
 
 		 231 aa  291  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3573  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.02 
 
 		 243 aa  291  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.715981  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0938  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.02 
 
 		 231 aa  291  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0642  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.02 
 
 		 231 aa  291  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3554  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.02 
 
 		 228 aa  291  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3581  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.02 
 
 		 228 aa  291  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.64 
 
 		 225 aa  291  6e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.64 
 
 		 225 aa  291  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.64 
 
 		 225 aa  291  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2786  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  68.84 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  67.45 
 
 		 219 aa  290  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0219  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.64 
 
 		 224 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0486776 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0494  ribulose-phosphate 3-epimerase  60 
 
 		 232 aa  285  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0438  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.57 
 
 		 226 aa  285  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.440703 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 		 236 aa  285  4e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0346  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.09 
 
 		 224 aa  285  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3466  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.64 
 
 		 229 aa  285  4e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0874335  normal  0.826504 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.26 
 
 		 239 aa  284  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0267  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.73 
 
 		 222 aa  284  7e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.137082  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0253  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.73 
 
 		 225 aa  284  7e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2569  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 228 aa  284  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0536  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 		 228 aa  284  8e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0292  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.73 
 
 		 225 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3700  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.73 
 
 		 236 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3660  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.62 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.56 
 
 		 228 aa  283  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4077  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.27 
 
 		 224 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3362  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.73 
 
 		 230 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0381  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.27 
 
 		 223 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3851  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 		 225 aa  281  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0167  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.45 
 
 		 222 aa  281  4.0000000000000003e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3680  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 		 225 aa  281  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0924  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.18 
 
 		 231 aa  281  4.0000000000000003e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3755  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 		 225 aa  281  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3888  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.27 
 
 		 225 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.384968 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4195  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 		 224 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4107  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 		 224 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.887514  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 		 225 aa  281  5.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3997  Ribulose-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 		 224 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2492  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 		 223 aa  281  6.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2371  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.52 
 
 		 227 aa  281  6.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3692  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.27 
 
 		 225 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0244  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.18 
 
 		 224 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.1 
 
 		 225 aa  280  9e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.241717  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 		 223 aa  280  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.45 
 
 		 224 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.45 
 
 		 224 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4259  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.18 
 
 		 224 aa  280  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0110433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3028  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.29 
 
 		 234 aa  280  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0136369  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0163  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.11 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.468376  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03238  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0327  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0327  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204958  normal  0.201128 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3582  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.111758  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3855  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004029  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3662  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383295  normal  0.0239622 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3763  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0483274  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4690  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03190  hypothetical protein  60.91 
 
 		 225 aa  279  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.38 
 
 		 224 aa  279  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.87 
 
 		 221 aa  278  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 223 aa  279  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3789  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3799  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 		 225 aa  278  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3682  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.341104  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4601  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 225 aa  278  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.361738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5120  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 		 224 aa  278  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 		 224 aa  278  6e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.45 
 
 		 228 aa  278  6e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04198  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.93 
 
 		 269 aa  277  9e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 		 224 aa  277  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.79681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>