More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2564 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
228 aa  458  9.999999999999999e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  75.45 
 
 
225 aa  343  1e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  78.08 
 
 
229 aa  340  7e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  74.44 
 
 
234 aa  340  8e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  75 
 
 
224 aa  339  2e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  75 
 
 
224 aa  339  2e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  75 
 
 
224 aa  339  2e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  74.77 
 
 
232 aa  318  6e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.27 
 
 
216 aa  316  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  74.04 
 
 
228 aa  308  2.9999999999999997e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.12 
 
 
222 aa  293  2e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.19 
 
 
224 aa  288  4e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.32 
 
 
226 aa  277  8e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.41 
 
 
226 aa  275  4e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.82 
 
 
231 aa  261  4.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.89 
 
 
219 aa  258  4e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.75 
 
 
223 aa  258  6e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.76 
 
 
240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.99 
 
 
223 aa  249  2e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.57 
 
 
221 aa  249  3e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60.75 
 
 
218 aa  248  4e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.19 
 
 
236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.35 
 
 
223 aa  238  4e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.75 
 
 
222 aa  236  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.38 
 
 
230 aa  236  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.53 
 
 
220 aa  234  8e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.84 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.89 
 
 
226 aa  232  3e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.75 
 
 
219 aa  231  5e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.25 
 
 
241 aa  228  5e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.66 
 
 
221 aa  226  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.12 
 
 
221 aa  226  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.07 
 
 
220 aa  226  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.65 
 
 
229 aa  223  2e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.17 
 
 
254 aa  218  7e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
221 aa  215  5e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.42 
 
 
222 aa  214  7e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
228 aa  202  3e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454647  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
224 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.51 
 
 
225 aa  199  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0244  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.98 
 
 
224 aa  197  9e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4259  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.98 
 
 
224 aa  197  9e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0110433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0415  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545723  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0446  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.338349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0449  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4787  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.750334 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.56 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.06 
 
 
223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2492  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.51 
 
 
223 aa  196  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0346  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.75 
 
 
224 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0156  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.43 
 
 
223 aa  196  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.73 
 
 
221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.69 
 
 
224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.73 
 
 
221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0177  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.98 
 
 
223 aa  195  6e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.165855  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2858  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.05 
 
 
228 aa  195  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.15 
 
 
223 aa  194  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5120  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.65 
 
 
224 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2364  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
229 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
217 aa  194  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
224 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.09 
 
 
235 aa  194  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.92 
 
 
214 aa  193  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0508  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.61 
 
 
228 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.471552  normal  0.840535 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.49 
 
 
243 aa  193  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.06 
 
 
225 aa  192  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0465  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.61 
 
 
228 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.710301  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.06 
 
 
225 aa  192  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0441  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.61 
 
 
228 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.06 
 
 
225 aa  192  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1048  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.33 
 
 
226 aa  192  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000483627  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.75 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2582  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.03 
 
 
230 aa  192  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.27 
 
 
239 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  191  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.29 
 
 
235 aa  191  7e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.96 
 
 
229 aa  191  7e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.18 
 
 
228 aa  191  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2112  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.98 
 
 
231 aa  190  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
214 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.44 
 
 
218 aa  190  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3176  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
266 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3725  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.33 
 
 
224 aa  190  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.897424 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.09 
 
 
227 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04198  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.33 
 
 
269 aa  190  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.64 
 
 
225 aa  190  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.241717  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0924  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.02 
 
 
231 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.74 
 
 
227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.85 
 
 
224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0743  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.5 
 
 
226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000598804 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.54 
 
 
238 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>