More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0803 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
221 aa  454  1e-127  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  89.45 
 
 
222 aa  401  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.62 
 
 
241 aa  278  4e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.55 
 
 
220 aa  268  5e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.09 
 
 
220 aa  266  1e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.53 
 
 
231 aa  261  4.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.33 
 
 
240 aa  257  8e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60.58 
 
 
226 aa  255  3e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
230 aa  252  3e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58.72 
 
 
218 aa  252  4.0000000000000004e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.53 
 
 
223 aa  251  8.000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.56 
 
 
221 aa  246  2e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.06 
 
 
223 aa  241  7.999999999999999e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  59.45 
 
 
221 aa  232  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
224 aa  229  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
224 aa  229  2e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.62 
 
 
221 aa  229  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
224 aa  229  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
225 aa  227  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.81 
 
 
220 aa  226  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.16 
 
 
222 aa  223  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
234 aa  222  3e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.6 
 
 
228 aa  222  4e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454647  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
223 aa  221  6e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.4 
 
 
229 aa  220  9.999999999999999e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.96 
 
 
222 aa  218  5e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
232 aa  218  7e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.68 
 
 
228 aa  216  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
228 aa  215  5e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.34 
 
 
229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.88 
 
 
219 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.2 
 
 
224 aa  210  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
226 aa  209  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.09 
 
 
226 aa  209  3e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.06 
 
 
214 aa  199  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.54 
 
 
218 aa  198  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.39 
 
 
221 aa  198  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
219 aa  197  9e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
214 aa  196  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  42.58 
 
 
220 aa  196  3e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.44 
 
 
221 aa  196  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
214 aa  193  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
220 aa  192  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.07 
 
 
220 aa  192  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.12 
 
 
224 aa  190  1e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.79 
 
 
224 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.28 
 
 
223 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
236 aa  189  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.02 
 
 
216 aa  190  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  43.46 
 
 
217 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
218 aa  189  4e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.7 
 
 
232 aa  187  8e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
218 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.6 
 
 
219 aa  186  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.24 
 
 
228 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.52 
 
 
224 aa  186  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.02 
 
 
225 aa  185  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
216 aa  185  4e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.72 
 
 
221 aa  185  5e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0501  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.98 
 
 
215 aa  185  5e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.72 
 
 
221 aa  185  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  40.48 
 
 
217 aa  184  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1028  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.98 
 
 
215 aa  184  9e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.198537  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2230  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.12 
 
 
227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.375841  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.34 
 
 
228 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.76 
 
 
219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.13 
 
 
236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.29 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.62 
 
 
247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.15 
 
 
225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.29 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.41 
 
 
236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.8 
 
 
254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.95 
 
 
235 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
224 aa  182  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
230 aa  182  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.46 
 
 
222 aa  182  3e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.45 
 
 
223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.32 
 
 
224 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1504  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.74 
 
 
219 aa  181  7e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0207643  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.92 
 
 
222 aa  181  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.35 
 
 
238 aa  181  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.29 
 
 
225 aa  180  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4056  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.36 
 
 
225 aa  180  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00103124  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.6 
 
 
227 aa  180  1e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0476  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.04 
 
 
215 aa  180  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1488  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.04 
 
 
215 aa  181  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.71 
 
 
224 aa  179  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.51 
 
 
221 aa  179  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.71 
 
 
224 aa  179  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.59 
 
 
223 aa  179  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>