More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1077 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
222 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  81.53 
 
 
223 aa  358  4e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  75.11 
 
 
231 aa  342  2.9999999999999997e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  81.28 
 
 
218 aa  342  2.9999999999999997e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  81.45 
 
 
221 aa  336  1.9999999999999998e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  80.82 
 
 
219 aa  328  6e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  67.13 
 
 
220 aa  292  2e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.36 
 
 
220 aa  286  1e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  68.98 
 
 
223 aa  286  2e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.28 
 
 
225 aa  285  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.28 
 
 
224 aa  283  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.28 
 
 
224 aa  283  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.28 
 
 
224 aa  283  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.81 
 
 
234 aa  281  7.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.29 
 
 
220 aa  278  5e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.72 
 
 
230 aa  277  1e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.12 
 
 
221 aa  275  6e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  70.23 
 
 
221 aa  273  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  72.22 
 
 
229 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.47 
 
 
241 aa  272  3e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60.93 
 
 
226 aa  271  7e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.83 
 
 
240 aa  271  8.000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.85 
 
 
222 aa  270  1e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.91 
 
 
216 aa  270  2e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.56 
 
 
224 aa  265  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.84 
 
 
254 aa  263  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.44 
 
 
228 aa  262  3e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.1 
 
 
236 aa  261  6.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.75 
 
 
228 aa  259  3e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.04 
 
 
232 aa  259  3e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.86 
 
 
229 aa  257  8e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.47 
 
 
223 aa  244  6e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.37 
 
 
228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454647  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.14 
 
 
222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.72 
 
 
226 aa  240  1e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.16 
 
 
221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.88 
 
 
226 aa  236  2e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.77 
 
 
218 aa  236  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.11 
 
 
214 aa  236  3e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  6e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.17 
 
 
214 aa  233  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.75 
 
 
219 aa  228  8e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.89 
 
 
224 aa  223  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.02 
 
 
221 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.16 
 
 
221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.81 
 
 
229 aa  218  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.75 
 
 
219 aa  215  4e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
217 aa  215  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.8 
 
 
224 aa  215  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.91 
 
 
221 aa  215  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.91 
 
 
221 aa  215  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
216 aa  214  5.9999999999999996e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.16 
 
 
221 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.4 
 
 
219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.21 
 
 
220 aa  211  5.999999999999999e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.09 
 
 
221 aa  209  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.17 
 
 
230 aa  209  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
236 aa  207  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.19 
 
 
220 aa  206  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0074  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.03 
 
 
224 aa  206  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
221 aa  206  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  42.45 
 
 
217 aa  204  8e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.6 
 
 
224 aa  204  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.6 
 
 
224 aa  204  9e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
224 aa  203  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.95 
 
 
218 aa  203  2e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.86 
 
 
226 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
232 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.86 
 
 
226 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.69 
 
 
223 aa  203  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.92 
 
 
230 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.71 
 
 
227 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
220 aa  202  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.18 
 
 
225 aa  202  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
220 aa  202  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.85 
 
 
228 aa  202  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46660  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
224 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.15 
 
 
232 aa  202  4e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.69 
 
 
223 aa  201  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 
231 aa  201  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
218 aa  201  6e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.29 
 
 
219 aa  201  7e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.76 
 
 
216 aa  201  7e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1048  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.61 
 
 
226 aa  201  8e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000483627  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 
224 aa  201  9e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.22 
 
 
224 aa  201  9e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.61 
 
 
219 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0479  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
224 aa  199  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0156  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.23 
 
 
225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.4 
 
 
219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>