More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1605 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  100 
 
 
217 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.84 
 
 
220 aa  315  5e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.51 
 
 
219 aa  310  1e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.38 
 
 
224 aa  301  6.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.26 
 
 
216 aa  293  2e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.8 
 
 
223 aa  288  5.0000000000000004e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.29 
 
 
215 aa  280  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.87 
 
 
219 aa  266  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.77 
 
 
218 aa  259  3e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.11 
 
 
218 aa  243  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
221 aa  230  1e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
221 aa  228  8e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  5.0000000000000005e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  7e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  7e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  7e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  7e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  7e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  7e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  224  7e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
216 aa  224  9e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
227 aa  224  9e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  223  1e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.57 
 
 
218 aa  222  3e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.1 
 
 
220 aa  222  3e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
264 aa  221  6e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.36 
 
 
221 aa  221  8e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
215 aa  220  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.74 
 
 
214 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.13 
 
 
247 aa  219  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.7 
 
 
219 aa  220  1.9999999999999999e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.54 
 
 
224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.34 
 
 
231 aa  218  5e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
218 aa  218  6e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
217 aa  218  7e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.37 
 
 
235 aa  217  8.999999999999998e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.91 
 
 
234 aa  216  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.91 
 
 
234 aa  216  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.22 
 
 
221 aa  216  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
221 aa  216  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.91 
 
 
235 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
221 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.74 
 
 
220 aa  215  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.76 
 
 
238 aa  214  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.73 
 
 
221 aa  213  9.999999999999999e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  47.91 
 
 
265 aa  214  9.999999999999999e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.58 
 
 
221 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.37 
 
 
219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.74 
 
 
223 aa  211  4.9999999999999996e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
217 aa  211  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1014  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
220 aa  211  7e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1116  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
220 aa  211  7e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.51 
 
 
235 aa  211  7e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
217 aa  211  9e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.44 
 
 
236 aa  211  9e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.82 
 
 
221 aa  210  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
223 aa  210  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.82 
 
 
221 aa  210  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.36 
 
 
218 aa  210  1e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.76 
 
 
229 aa  210  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.06 
 
 
221 aa  210  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0788  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.95 
 
 
214 aa  209  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.52 
 
 
221 aa  209  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.46 
 
 
229 aa  208  4e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.95 
 
 
224 aa  209  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.23 
 
 
222 aa  207  9e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.75 
 
 
220 aa  207  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
224 aa  207  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.12 
 
 
230 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.74 
 
 
211 aa  207  1e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.02 
 
 
244 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.92 
 
 
221 aa  206  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.25 
 
 
226 aa  206  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1649  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.21 
 
 
221 aa  205  3e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.72 
 
 
230 aa  205  3e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.75 
 
 
224 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.72 
 
 
232 aa  206  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.29 
 
 
223 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.34 
 
 
221 aa  205  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  47 
 
 
227 aa  205  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
219 aa  205  5e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.5 
 
 
225 aa  204  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.79 
 
 
226 aa  204  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0074  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.33 
 
 
224 aa  204  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2806  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.84 
 
 
216 aa  203  1e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000293788  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.13 
 
 
231 aa  202  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.25 
 
 
211 aa  202  3e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
222 aa  202  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.81 
 
 
219 aa  202  4e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.5 
 
 
236 aa  201  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0481  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.33 
 
 
242 aa  201  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  43.06 
 
 
224 aa  201  6e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
218 aa  201  7e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 
220 aa  201  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 
220 aa  201  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.82 
 
 
221 aa  201  9e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.75 
 
 
220 aa  200  9.999999999999999e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.55 
 
 
239 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.19 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>