More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5109 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
215 aa  442  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  58.29 
 
 
217 aa  280  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.72 
 
 
220 aa  276  1e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.95 
 
 
219 aa  274  7e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.79 
 
 
223 aa  273  1.0000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.72 
 
 
224 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.49 
 
 
216 aa  270  2e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.02 
 
 
219 aa  244  6.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.19 
 
 
216 aa  241  6e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.02 
 
 
221 aa  230  1e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.72 
 
 
218 aa  228  4e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.25 
 
 
218 aa  228  4e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.3 
 
 
221 aa  225  4e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.3 
 
 
221 aa  225  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  225  5.0000000000000005e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.72 
 
 
221 aa  225  5.0000000000000005e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.93 
 
 
219 aa  224  1e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.84 
 
 
218 aa  223  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
217 aa  222  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
224 aa  221  4.9999999999999996e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.63 
 
 
221 aa  221  7e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.43 
 
 
229 aa  220  9.999999999999999e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.67 
 
 
214 aa  219  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  3e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.63 
 
 
214 aa  219  3e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.89 
 
 
247 aa  218  6e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.31 
 
 
220 aa  217  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
264 aa  216  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.24 
 
 
221 aa  216  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
227 aa  215  2.9999999999999998e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.23 
 
 
221 aa  215  4e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.2 
 
 
214 aa  214  5.9999999999999996e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.51 
 
 
223 aa  214  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
223 aa  214  7e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0074  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
224 aa  214  8e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.5 
 
 
220 aa  213  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
235 aa  213  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.03 
 
 
220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.58 
 
 
221 aa  211  7.999999999999999e-54  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
221 aa  210  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.42 
 
 
215 aa  210  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.89 
 
 
221 aa  210  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
224 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.97 
 
 
221 aa  209  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
221 aa  208  5e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
235 aa  208  5e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  207  7e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
238 aa  207  7e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
230 aa  207  7e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  207  7e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1649  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.06 
 
 
221 aa  207  8e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.75 
 
 
221 aa  207  9e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.78 
 
 
219 aa  207  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0788  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.28 
 
 
214 aa  206  2e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.85 
 
 
221 aa  206  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.7 
 
 
231 aa  206  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.03 
 
 
232 aa  206  2e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
218 aa  206  2e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.5 
 
 
211 aa  206  2e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
223 aa  205  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.01 
 
 
230 aa  205  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.5 
 
 
227 aa  205  5e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.04 
 
 
229 aa  205  5e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
222 aa  204  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
234 aa  204  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
234 aa  204  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
218 aa  204  9e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1014  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
220 aa  202  2e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
235 aa  202  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
231 aa  203  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
218 aa  203  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
221 aa  203  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1116  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
220 aa  202  2e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
236 aa  202  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.19 
 
 
217 aa  203  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.42 
 
 
221 aa  202  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  50.93 
 
 
265 aa  202  3e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.41 
 
 
225 aa  202  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.81 
 
 
214 aa  202  4e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.81 
 
 
214 aa  202  4e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.51 
 
 
217 aa  201  5e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.08 
 
 
224 aa  201  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.08 
 
 
224 aa  201  6e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.07 
 
 
219 aa  201  8e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
217 aa  201  9e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1342  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.52 
 
 
224 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.361236 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
221 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.04 
 
 
224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
223 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.57 
 
 
228 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  49.49 
 
 
224 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.62 
 
 
223 aa  198  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>