More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1595 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
218 aa  446  1.0000000000000001e-124  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.4 
 
 
220 aa  259  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
219 aa  259  2e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  53.77 
 
 
217 aa  259  3e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.98 
 
 
216 aa  254  6e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.67 
 
 
223 aa  254  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.24 
 
 
219 aa  241  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.09 
 
 
247 aa  240  1e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.07 
 
 
235 aa  239  2.9999999999999997e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.15 
 
 
235 aa  238  6.999999999999999e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.4 
 
 
227 aa  237  9e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.61 
 
 
235 aa  235  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.15 
 
 
236 aa  234  8e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
221 aa  233  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
234 aa  231  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
234 aa  231  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.72 
 
 
215 aa  228  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.93 
 
 
238 aa  224  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.13 
 
 
221 aa  220  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.39 
 
 
218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
224 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.05 
 
 
214 aa  218  3.9999999999999997e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  47.47 
 
 
265 aa  218  7.999999999999999e-56  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
230 aa  217  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.58 
 
 
221 aa  217  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
218 aa  217  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
221 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.24 
 
 
218 aa  214  8e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
219 aa  212  2.9999999999999995e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.82 
 
 
217 aa  212  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  211  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.13 
 
 
223 aa  210  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
219 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.69 
 
 
225 aa  209  3e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.87 
 
 
217 aa  208  5e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.08 
 
 
219 aa  207  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.74 
 
 
221 aa  207  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
231 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.36 
 
 
224 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.36 
 
 
224 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.72 
 
 
221 aa  206  2e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0788  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.63 
 
 
214 aa  206  3e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.01 
 
 
225 aa  206  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.75 
 
 
229 aa  205  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.25 
 
 
221 aa  205  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.75 
 
 
222 aa  205  4e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.67 
 
 
229 aa  204  6e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.85 
 
 
225 aa  204  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.36 
 
 
231 aa  204  8e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.89 
 
 
225 aa  203  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.93 
 
 
224 aa  203  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
218 aa  203  2e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.12 
 
 
221 aa  203  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.23 
 
 
225 aa  202  3e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.95 
 
 
223 aa  202  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.25 
 
 
217 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1028  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.52 
 
 
215 aa  202  5e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.198537  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.19 
 
 
211 aa  201  5e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0501  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.52 
 
 
215 aa  201  8e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.22 
 
 
223 aa  201  9e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.97 
 
 
221 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0977  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.99 
 
 
219 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.213833 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.15 
 
 
227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.93 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.67 
 
 
211 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.45 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.89 
 
 
228 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.03 
 
 
226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.06 
 
 
220 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1488  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.52 
 
 
215 aa  199  3e-50  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
221 aa  198  5e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
221 aa  198  5e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0476  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.05 
 
 
215 aa  198  6e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.41 
 
 
230 aa  198  6e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.86 
 
 
221 aa  198  6e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.25 
 
 
226 aa  197  7.999999999999999e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.95 
 
 
221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1342  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.05 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.361236 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  41.86 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.76 
 
 
217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.19 
 
 
224 aa  196  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.89 
 
 
218 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.74 
 
 
221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.24 
 
 
243 aa  195  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.04 
 
 
218 aa  194  6e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.05 
 
 
239 aa  194  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>