More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0714 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
222 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0977  Ribulose-phosphate 3-epimerase  83.26 
 
 
219 aa  350  1e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.213833 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  77.31 
 
 
217 aa  342  2.9999999999999997e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.2 
 
 
221 aa  295  4e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0481  Ribulose-phosphate 3-epimerase  67.45 
 
 
242 aa  286  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.33 
 
 
225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.43 
 
 
221 aa  249  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.43 
 
 
221 aa  249  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.71 
 
 
234 aa  248  7e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.71 
 
 
234 aa  248  7e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.3 
 
 
224 aa  247  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.35 
 
 
220 aa  246  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  51.35 
 
 
265 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.7 
 
 
235 aa  240  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.34 
 
 
238 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.4 
 
 
219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.3 
 
 
224 aa  238  4e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.3 
 
 
224 aa  238  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.93 
 
 
230 aa  238  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.78 
 
 
236 aa  238  4e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
227 aa  238  5e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  59.9 
 
 
221 aa  238  5e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
235 aa  238  5e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
235 aa  237  1e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.89 
 
 
219 aa  234  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.31 
 
 
220 aa  234  9e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.4 
 
 
264 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.34 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.61 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.02 
 
 
218 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.24 
 
 
221 aa  229  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.9 
 
 
222 aa  229  2e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.71 
 
 
221 aa  229  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
221 aa  228  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.59 
 
 
224 aa  228  4e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.57 
 
 
229 aa  228  4e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.29 
 
 
223 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
219 aa  226  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
220 aa  226  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
220 aa  226  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.93 
 
 
221 aa  225  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.49 
 
 
224 aa  225  4e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
220 aa  225  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  51 
 
 
216 aa  225  5.0000000000000005e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
232 aa  224  6e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51 
 
 
217 aa  224  6e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.03 
 
 
231 aa  224  7e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
217 aa  224  8e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.17 
 
 
221 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
218 aa  222  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.14 
 
 
223 aa  221  4.9999999999999996e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2597  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.79 
 
 
209 aa  221  6e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.943131  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.42 
 
 
221 aa  221  6e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
228 aa  221  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.85 
 
 
214 aa  221  8e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
214 aa  221  9e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  53 
 
 
219 aa  220  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.33 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  49.07 
 
 
224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.28 
 
 
211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.36 
 
 
217 aa  219  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  56 
 
 
215 aa  219  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.84 
 
 
216 aa  219  3e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.33 
 
 
243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.04 
 
 
221 aa  218  5e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.67 
 
 
229 aa  218  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.85 
 
 
214 aa  218  7.999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.53 
 
 
224 aa  218  7.999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.79 
 
 
221 aa  217  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
223 aa  217  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.87 
 
 
230 aa  216  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0165  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.5 
 
 
224 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.3 
 
 
227 aa  215  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.49 
 
 
224 aa  215  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
223 aa  215  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.92 
 
 
223 aa  215  4e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
224 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.09 
 
 
225 aa  215  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
224 aa  215  5e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.24 
 
 
223 aa  213  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.49 
 
 
224 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5120  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.64 
 
 
224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
233 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.99 
 
 
221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.47 
 
 
234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0535  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
231 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.353597  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0938  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
231 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
231 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0642  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
231 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.49 
 
 
221 aa  212  2.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>