More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0022 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
223 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  67.3 
 
 
225 aa  293  2e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.06 
 
 
227 aa  268  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.28 
 
 
219 aa  268  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.19 
 
 
223 aa  267  8e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60 
 
 
220 aa  264  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.74 
 
 
228 aa  263  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.18 
 
 
221 aa  262  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.76 
 
 
227 aa  260  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.17 
 
 
225 aa  260  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.5 
 
 
233 aa  258  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.74 
 
 
227 aa  258  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.88 
 
 
247 aa  257  9e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.79 
 
 
264 aa  256  3e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.09 
 
 
227 aa  253  1.0000000000000001e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.68 
 
 
225 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.47 
 
 
225 aa  251  5.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.01 
 
 
225 aa  251  5.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.75 
 
 
234 aa  251  8.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.75 
 
 
234 aa  251  8.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
232 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.94 
 
 
221 aa  250  1e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.89 
 
 
218 aa  249  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.96 
 
 
225 aa  249  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.44 
 
 
234 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.75 
 
 
238 aa  249  3e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  66.67 
 
 
227 aa  248  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.97 
 
 
226 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.75 
 
 
221 aa  247  1e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.76 
 
 
225 aa  246  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.9 
 
 
226 aa  246  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.5 
 
 
233 aa  245  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
221 aa  245  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  57 
 
 
218 aa  245  4.9999999999999997e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.93 
 
 
226 aa  244  8e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.19 
 
 
235 aa  244  9e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.34 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.38 
 
 
235 aa  243  9.999999999999999e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  51.58 
 
 
265 aa  243  9.999999999999999e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.15 
 
 
235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.91 
 
 
243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.07 
 
 
214 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2218  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
233 aa  242  3e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
214 aa  242  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.02 
 
 
224 aa  241  3.9999999999999997e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 
223 aa  241  6e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.07 
 
 
214 aa  241  7e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.88 
 
 
244 aa  241  7.999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
220 aa  240  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
220 aa  240  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60.87 
 
 
232 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.94 
 
 
236 aa  239  2e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.88 
 
 
232 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1198  Ribulose-phosphate 3-epimerase  64.65 
 
 
227 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00622607 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.45 
 
 
221 aa  236  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.62 
 
 
219 aa  236  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1430  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
236 aa  234  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0377706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1614  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.25 
 
 
231 aa  234  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.987779  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.74 
 
 
230 aa  234  9e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.96 
 
 
225 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2864  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
236 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
211 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.48 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.42 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.29 
 
 
223 aa  232  4.0000000000000004e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.5 
 
 
217 aa  232  4.0000000000000004e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58.49 
 
 
225 aa  231  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.11 
 
 
231 aa  231  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
221 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
221 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.11 
 
 
224 aa  230  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.68 
 
 
227 aa  229  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.07 
 
 
220 aa  229  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.13 
 
 
219 aa  230  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.46 
 
 
228 aa  229  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3006  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.41 
 
 
232 aa  229  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0532  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
238 aa  228  6e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.29 
 
 
222 aa  227  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1911  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.78 
 
 
230 aa  226  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.822201  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.94 
 
 
221 aa  226  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
226 aa  226  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.29 
 
 
230 aa  226  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
226 aa  226  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
228 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.7 
 
 
215 aa  225  4e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
224 aa  224  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
236 aa  224  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.72 
 
 
216 aa  224  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.11 
 
 
223 aa  224  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
219 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3466  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.63 
 
 
229 aa  223  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0874335  normal  0.826504 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.86 
 
 
230 aa  223  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.94 
 
 
221 aa  223  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>