More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0576 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
220 aa  448  1e-125  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.47 
 
 
222 aa  291  4e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.57 
 
 
216 aa  290  2e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.97 
 
 
214 aa  284  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.5 
 
 
214 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.03 
 
 
214 aa  282  2.0000000000000002e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.56 
 
 
214 aa  279  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.14 
 
 
224 aa  270  9e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.69 
 
 
218 aa  270  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.59 
 
 
230 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.03 
 
 
219 aa  270  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58.69 
 
 
224 aa  266  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.28 
 
 
221 aa  267  1e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.22 
 
 
218 aa  266  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.72 
 
 
221 aa  266  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.72 
 
 
221 aa  266  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.28 
 
 
221 aa  264  8e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.81 
 
 
221 aa  262  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.6 
 
 
224 aa  260  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.6 
 
 
224 aa  260  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.22 
 
 
231 aa  258  4e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.3 
 
 
234 aa  254  5e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.45 
 
 
236 aa  254  6e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.69 
 
 
215 aa  254  8e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.72 
 
 
221 aa  254  8e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  59.24 
 
 
221 aa  253  1.0000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.38 
 
 
221 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.3 
 
 
223 aa  251  5.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
235 aa  249  3e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.49 
 
 
224 aa  249  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.48 
 
 
221 aa  249  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.88 
 
 
220 aa  248  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
219 aa  248  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.41 
 
 
221 aa  248  5e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.28 
 
 
247 aa  248  5e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.24 
 
 
229 aa  248  7e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.68 
 
 
238 aa  246  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.17 
 
 
227 aa  245  4e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.19 
 
 
221 aa  244  4.9999999999999997e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.71 
 
 
234 aa  244  8e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.71 
 
 
234 aa  244  8e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.35 
 
 
264 aa  243  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.67 
 
 
235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.25 
 
 
235 aa  243  1.9999999999999999e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.41 
 
 
221 aa  242  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.71 
 
 
220 aa  242  3e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.93 
 
 
216 aa  241  3.9999999999999997e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.29 
 
 
211 aa  239  2e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.61 
 
 
232 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
218 aa  239  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.81 
 
 
225 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.54 
 
 
217 aa  238  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.25 
 
 
220 aa  236  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.72 
 
 
221 aa  236  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.25 
 
 
220 aa  236  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.79 
 
 
227 aa  236  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  55 
 
 
226 aa  235  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
231 aa  234  6e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.28 
 
 
225 aa  234  6e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
230 aa  234  9e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0712  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.8 
 
 
225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.3 
 
 
225 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.11 
 
 
217 aa  233  1.0000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.38 
 
 
219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.04 
 
 
222 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.79 
 
 
225 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.49 
 
 
225 aa  231  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.33 
 
 
227 aa  231  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  231  5e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
214 aa  231  5e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1342  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.45 
 
 
224 aa  231  7.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.361236 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.4 
 
 
217 aa  231  9e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.76 
 
 
223 aa  230  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.86 
 
 
218 aa  230  1e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
226 aa  229  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.07 
 
 
223 aa  229  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  52.8 
 
 
265 aa  230  2e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.29 
 
 
223 aa  229  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
226 aa  229  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
219 aa  229  3e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.16 
 
 
225 aa  229  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.86 
 
 
219 aa  228  4e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.06 
 
 
228 aa  228  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
217 aa  228  5e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.42 
 
 
230 aa  228  5e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
226 aa  228  6e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  55 
 
 
225 aa  228  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0532  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.51 
 
 
238 aa  227  8e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.82 
 
 
233 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0074  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
224 aa  226  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
219 aa  226  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.29 
 
 
217 aa  225  5.0000000000000005e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>