More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1951 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
229 aa  464  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.38 
 
 
224 aa  263  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.86 
 
 
224 aa  256  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.86 
 
 
224 aa  256  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  2e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.87 
 
 
214 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.1 
 
 
221 aa  255  4e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.38 
 
 
214 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.25 
 
 
236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.39 
 
 
214 aa  251  6e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.08 
 
 
230 aa  250  1e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.24 
 
 
220 aa  248  8e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.35 
 
 
235 aa  244  6e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
234 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
234 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.67 
 
 
218 aa  243  3e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.33 
 
 
219 aa  243  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.02 
 
 
235 aa  242  3e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.35 
 
 
221 aa  242  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.35 
 
 
221 aa  242  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
235 aa  242  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.02 
 
 
238 aa  240  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.71 
 
 
221 aa  240  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.53 
 
 
221 aa  240  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.14 
 
 
221 aa  239  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.79 
 
 
247 aa  240  2e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.38 
 
 
221 aa  239  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.82 
 
 
219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
218 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.49 
 
 
224 aa  238  5e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.71 
 
 
223 aa  236  3e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.4 
 
 
220 aa  235  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.77 
 
 
224 aa  235  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.32 
 
 
221 aa  234  8e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.21 
 
 
221 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.52 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
227 aa  232  3e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.44 
 
 
223 aa  232  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.15 
 
 
232 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.93 
 
 
234 aa  232  4.0000000000000004e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.6 
 
 
221 aa  231  5e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.17 
 
 
216 aa  228  4e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
225 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
225 aa  227  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.95 
 
 
217 aa  227  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.94 
 
 
221 aa  227  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
264 aa  226  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  51.42 
 
 
224 aa  226  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
225 aa  225  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.85 
 
 
243 aa  225  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
227 aa  224  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.58 
 
 
219 aa  223  1e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
231 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
225 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.5 
 
 
219 aa  223  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.52 
 
 
225 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.3 
 
 
233 aa  221  6e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.4 
 
 
225 aa  221  7e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.49 
 
 
218 aa  221  8e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.22 
 
 
228 aa  220  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
221 aa  220  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  219  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.15 
 
 
216 aa  219  3e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0861  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
213 aa  219  3e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0049  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.06 
 
 
222 aa  218  5e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.27 
 
 
221 aa  218  5e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.42 
 
 
223 aa  218  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
219 aa  218  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.67 
 
 
222 aa  218  7e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
222 aa  218  7.999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0712  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.08 
 
 
225 aa  218  8.999999999999998e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
217 aa  217  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.77 
 
 
225 aa  217  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.25 
 
 
221 aa  216  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.94 
 
 
230 aa  216  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
225 aa  216  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.46 
 
 
223 aa  216  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.43 
 
 
223 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1607  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.72 
 
 
213 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.16 
 
 
226 aa  215  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
224 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.84 
 
 
220 aa  214  5.9999999999999996e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0501  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.33 
 
 
215 aa  214  7e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
224 aa  214  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.7 
 
 
232 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1649  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.55 
 
 
221 aa  214  8e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2364  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.83 
 
 
229 aa  214  8e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.82 
 
 
220 aa  214  9e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.82 
 
 
220 aa  214  9e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.71 
 
 
221 aa  214  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  53 
 
 
224 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.25 
 
 
232 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>