More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5433 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
219 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.91 
 
 
216 aa  283  2.0000000000000002e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.05 
 
 
219 aa  273  2.0000000000000002e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.94 
 
 
220 aa  271  6e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  55.87 
 
 
217 aa  266  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.19 
 
 
224 aa  261  4.999999999999999e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.42 
 
 
247 aa  249  2e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.52 
 
 
223 aa  249  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.36 
 
 
220 aa  246  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.02 
 
 
215 aa  244  6.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.18 
 
 
236 aa  244  8e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.86 
 
 
221 aa  243  9.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.51 
 
 
227 aa  244  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.87 
 
 
217 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.24 
 
 
218 aa  241  5e-63  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  52.29 
 
 
265 aa  241  6e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.24 
 
 
229 aa  241  6e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.4 
 
 
217 aa  241  6e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.05 
 
 
264 aa  241  7e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.81 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.6 
 
 
221 aa  240  1e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.89 
 
 
218 aa  240  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.14 
 
 
211 aa  239  2e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.68 
 
 
238 aa  239  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
214 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
214 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
214 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
214 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
214 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
214 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.13 
 
 
218 aa  239  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
214 aa  238  4e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.3 
 
 
221 aa  237  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.29 
 
 
221 aa  236  1e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.4 
 
 
221 aa  237  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.13 
 
 
221 aa  236  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.38 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.13 
 
 
221 aa  236  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.66 
 
 
224 aa  236  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.38 
 
 
214 aa  235  3e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.98 
 
 
221 aa  235  4e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.83 
 
 
235 aa  235  4e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.86 
 
 
214 aa  234  6e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.85 
 
 
221 aa  234  9e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.14 
 
 
234 aa  234  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.38 
 
 
221 aa  234  9e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.14 
 
 
234 aa  234  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.83 
 
 
235 aa  234  9e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
235 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
222 aa  233  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.63 
 
 
225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
216 aa  232  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.72 
 
 
221 aa  231  6e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.09 
 
 
220 aa  231  8.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.37 
 
 
225 aa  231  9e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.05 
 
 
225 aa  231  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
218 aa  230  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.23 
 
 
225 aa  229  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.98 
 
 
221 aa  229  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
231 aa  227  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  226  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
232 aa  225  4e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
219 aa  225  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.92 
 
 
230 aa  224  7e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.72 
 
 
233 aa  224  8e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.55 
 
 
221 aa  223  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.47 
 
 
221 aa  223  2e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.43 
 
 
222 aa  223  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
223 aa  223  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.02 
 
 
225 aa  222  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  51.78 
 
 
224 aa  222  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.72 
 
 
230 aa  221  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.09 
 
 
225 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.82 
 
 
228 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1649  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.75 
 
 
221 aa  219  3e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
219 aa  219  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.47 
 
 
227 aa  218  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.98 
 
 
221 aa  218  3.9999999999999997e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.06 
 
 
224 aa  218  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.54 
 
 
227 aa  218  5e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  218  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  218  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
229 aa  218  6e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.92 
 
 
231 aa  217  8.999999999999998e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.26 
 
 
225 aa  216  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
219 aa  216  2e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0481  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
242 aa  215  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
218 aa  215  4e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.17 
 
 
224 aa  215  4e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.02 
 
 
225 aa  215  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.18 
 
 
223 aa  214  5.9999999999999996e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.66 
 
 
221 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.11 
 
 
226 aa  214  8e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0049  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.79 
 
 
222 aa  214  9e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
224 aa  214  9e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.49 
 
 
217 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
227 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.28 
 
 
223 aa  213  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.61 
 
 
215 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>