More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1319 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
229 aa  454  1e-127  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.24 
 
 
219 aa  241  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.31 
 
 
220 aa  238  8e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
221 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.71 
 
 
224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
224 aa  231  6e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.01 
 
 
219 aa  230  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
221 aa  229  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
221 aa  229  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
218 aa  229  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  55 
 
 
221 aa  228  4e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
217 aa  228  6e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.57 
 
 
222 aa  228  6e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.46 
 
 
217 aa  226  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.49 
 
 
232 aa  226  3e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.46 
 
 
216 aa  225  4e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
231 aa  225  6e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.2 
 
 
211 aa  223  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.6 
 
 
215 aa  223  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.93 
 
 
221 aa  222  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.29 
 
 
230 aa  223  3e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  223  3e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.04 
 
 
214 aa  223  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.04 
 
 
214 aa  223  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0788  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.27 
 
 
214 aa  222  4.9999999999999996e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
214 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  53.08 
 
 
224 aa  221  8e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.98 
 
 
214 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.43 
 
 
215 aa  220  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.26 
 
 
224 aa  219  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.98 
 
 
214 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0481  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
242 aa  218  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.43 
 
 
235 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.73 
 
 
216 aa  218  6e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.37 
 
 
234 aa  217  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
223 aa  217  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.37 
 
 
234 aa  217  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.61 
 
 
227 aa  216  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.61 
 
 
221 aa  216  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.08 
 
 
235 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
220 aa  215  5e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.45 
 
 
221 aa  215  5e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.19 
 
 
231 aa  215  5e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
219 aa  214  7e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.08 
 
 
221 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.08 
 
 
221 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.69 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
235 aa  213  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.4 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.14 
 
 
223 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.08 
 
 
221 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.42 
 
 
218 aa  211  5.999999999999999e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.48 
 
 
221 aa  211  7e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
238 aa  211  7e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
236 aa  211  7e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.03 
 
 
227 aa  211  9e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1116  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.25 
 
 
220 aa  210  1e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.01 
 
 
216 aa  210  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.14 
 
 
229 aa  210  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1014  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.25 
 
 
220 aa  210  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.4 
 
 
217 aa  210  2e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.3 
 
 
221 aa  210  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.02 
 
 
219 aa  210  2e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
224 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
219 aa  209  3e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.74 
 
 
222 aa  209  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  43.46 
 
 
217 aa  208  4e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.33 
 
 
218 aa  208  5e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.3 
 
 
247 aa  208  7e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.99 
 
 
221 aa  207  8e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
219 aa  207  8e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
220 aa  207  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.24 
 
 
221 aa  207  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.5 
 
 
230 aa  206  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2075  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.5 
 
 
224 aa  206  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.21 
 
 
225 aa  206  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
234 aa  206  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.74 
 
 
225 aa  206  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.37 
 
 
221 aa  206  3e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.38 
 
 
221 aa  206  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0977  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.28 
 
 
219 aa  205  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.213833 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.92 
 
 
224 aa  205  4e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.93 
 
 
220 aa  205  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.93 
 
 
220 aa  205  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.76 
 
 
225 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  47 
 
 
221 aa  204  6e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.67 
 
 
218 aa  204  7e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.75 
 
 
225 aa  204  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>