More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1223 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
218 aa  441  1e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.34 
 
 
231 aa  264  7e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
221 aa  256  1e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.52 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
218 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.48 
 
 
219 aa  249  3e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.05 
 
 
214 aa  248  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.61 
 
 
224 aa  244  6.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
247 aa  244  9e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.05 
 
 
218 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.74 
 
 
215 aa  242  3e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
220 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.13 
 
 
219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
217 aa  238  5.999999999999999e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.63 
 
 
234 aa  236  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.42 
 
 
217 aa  236  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.63 
 
 
234 aa  236  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
223 aa  235  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.5 
 
 
225 aa  235  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.33 
 
 
216 aa  234  7e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.87 
 
 
217 aa  234  7e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.7 
 
 
236 aa  234  9e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.72 
 
 
225 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.63 
 
 
235 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.19 
 
 
225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.8 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  52.34 
 
 
265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
219 aa  232  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.16 
 
 
235 aa  232  4.0000000000000004e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.31 
 
 
227 aa  231  5e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.72 
 
 
225 aa  231  7.000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.68 
 
 
224 aa  231  7.000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
264 aa  230  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.61 
 
 
223 aa  229  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.7 
 
 
238 aa  229  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.17 
 
 
222 aa  229  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
235 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.15 
 
 
228 aa  228  5e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52 
 
 
220 aa  228  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.95 
 
 
221 aa  227  9e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
217 aa  227  1e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.77 
 
 
221 aa  227  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.24 
 
 
220 aa  227  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  56 
 
 
225 aa  226  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
221 aa  226  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
221 aa  226  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.52 
 
 
211 aa  225  4e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.47 
 
 
234 aa  225  5.0000000000000005e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
220 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.88 
 
 
224 aa  223  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
220 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.39 
 
 
230 aa  223  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
221 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
221 aa  223  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.89 
 
 
220 aa  223  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.89 
 
 
221 aa  221  7e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0333  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.7 
 
 
216 aa  221  7e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.540612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.49 
 
 
229 aa  221  8e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.62 
 
 
219 aa  221  9e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.8 
 
 
221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0049  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
222 aa  218  3.9999999999999997e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  52 
 
 
227 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.82 
 
 
232 aa  218  5e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.69 
 
 
228 aa  218  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  44.86 
 
 
217 aa  218  6e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.18 
 
 
211 aa  218  7e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
221 aa  218  7e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0415  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.34 
 
 
255 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545723  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
218 aa  217  1e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0446  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.34 
 
 
224 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.338349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0449  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.34 
 
 
224 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  54 
 
 
225 aa  217  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.34 
 
 
221 aa  217  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.93 
 
 
225 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.49 
 
 
221 aa  217  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0712  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.87 
 
 
225 aa  216  2e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.62 
 
 
224 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
221 aa  216  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
219 aa  216  2e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
217 aa  216  2e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.62 
 
 
224 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.05 
 
 
225 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4787  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.87 
 
 
224 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.750334 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.73 
 
 
225 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.77 
 
 
219 aa  216  2.9999999999999998e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.25 
 
 
230 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.54 
 
 
218 aa  215  4e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1981  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.24 
 
 
236 aa  215  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
221 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>