More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3927 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
228 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  72.3 
 
 
223 aa  311  4.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.94 
 
 
243 aa  301  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.26 
 
 
226 aa  300  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.98 
 
 
225 aa  296  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.51 
 
 
225 aa  295  5e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.15 
 
 
225 aa  290  9e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  64.84 
 
 
227 aa  290  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.26 
 
 
233 aa  290  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.67 
 
 
225 aa  289  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.92 
 
 
227 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.44 
 
 
225 aa  284  7e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  65.44 
 
 
225 aa  282  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.51 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.92 
 
 
232 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  66.82 
 
 
232 aa  279  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.85 
 
 
225 aa  275  3e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.84 
 
 
234 aa  275  5e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2218  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.62 
 
 
233 aa  274  8e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.78 
 
 
227 aa  274  8e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.48 
 
 
226 aa  270  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  65.55 
 
 
227 aa  267  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.09 
 
 
230 aa  267  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.33 
 
 
236 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  68.12 
 
 
233 aa  266  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1430  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.36 
 
 
236 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0377706 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.84 
 
 
228 aa  265  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.22 
 
 
244 aa  265  5e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2864  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.36 
 
 
236 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.35 
 
 
225 aa  264  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.82 
 
 
226 aa  262  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.65 
 
 
219 aa  258  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.47 
 
 
220 aa  257  9e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1614  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.12 
 
 
231 aa  254  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.987779  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.42 
 
 
224 aa  253  1.0000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.41 
 
 
223 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3006  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.95 
 
 
232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.14 
 
 
223 aa  251  5.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1198  Ribulose-phosphate 3-epimerase  67.49 
 
 
227 aa  250  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00622607 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.01 
 
 
221 aa  248  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.41 
 
 
231 aa  246  3e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.41 
 
 
218 aa  246  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.82 
 
 
219 aa  246  3e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  53.85 
 
 
265 aa  243  9.999999999999999e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.21 
 
 
218 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.88 
 
 
219 aa  241  6e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.53 
 
 
236 aa  241  7e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.47 
 
 
234 aa  241  9e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.47 
 
 
234 aa  241  9e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.02 
 
 
235 aa  239  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.39 
 
 
220 aa  238  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.53 
 
 
224 aa  238  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.61 
 
 
214 aa  238  5.999999999999999e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56.88 
 
 
220 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.88 
 
 
220 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.58 
 
 
222 aa  237  1e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  237  1e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
247 aa  236  2e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 
214 aa  236  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.12 
 
 
232 aa  235  3e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
220 aa  235  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
217 aa  234  6e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
222 aa  234  7e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.02 
 
 
211 aa  234  9e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.82 
 
 
219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.28 
 
 
223 aa  233  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.6 
 
 
214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56.02 
 
 
225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.78 
 
 
220 aa  232  4.0000000000000004e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.85 
 
 
221 aa  231  5e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.38 
 
 
221 aa  231  5e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.24 
 
 
225 aa  230  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.63 
 
 
223 aa  230  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.85 
 
 
238 aa  230  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.34 
 
 
235 aa  228  5e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.53 
 
 
217 aa  227  9e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
221 aa  227  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
221 aa  227  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0481  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.52 
 
 
242 aa  226  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.44 
 
 
215 aa  226  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.09 
 
 
223 aa  226  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3466  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.27 
 
 
229 aa  226  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0874335  normal  0.826504 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.09 
 
 
228 aa  226  2e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1911  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.44 
 
 
230 aa  225  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.822201  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
223 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.88 
 
 
235 aa  225  5.0000000000000005e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.04 
 
 
217 aa  224  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1057  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.73 
 
 
223 aa  224  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0312064  normal  0.484494 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.75 
 
 
225 aa  224  8e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
230 aa  224  8e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.75 
 
 
225 aa  224  8e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.75 
 
 
225 aa  224  8e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>