More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1028 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_1028  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
215 aa  434  1e-121  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.198537  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0501  ribulose-phosphate 3-epimerase  80.93 
 
 
215 aa  364  1e-100  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0476  ribulose-phosphate 3-epimerase  80.93 
 
 
215 aa  362  2e-99  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1488  ribulose-phosphate 3-epimerase  80.93 
 
 
215 aa  362  3e-99  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0861  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.61 
 
 
213 aa  305  4.0000000000000004e-82  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0769  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.79 
 
 
213 aa  297  1e-79  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1607  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.09 
 
 
213 aa  256  1e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.69 
 
 
213 aa  254  9e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.81 
 
 
214 aa  228  5e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
214 aa  228  5e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
214 aa  228  5e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
214 aa  228  5e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
214 aa  228  5e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
214 aa  228  5e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
214 aa  228  5e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
214 aa  228  7e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
214 aa  226  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
214 aa  226  2e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
214 aa  225  3e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
218 aa  221  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.06 
 
 
221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
228 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.8 
 
 
224 aa  212  3.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.41 
 
 
230 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.85 
 
 
239 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.28 
 
 
224 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
228 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.37 
 
 
229 aa  206  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.92 
 
 
228 aa  202  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.52 
 
 
218 aa  202  4e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
223 aa  202  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0479  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
224 aa  201  7e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.67 
 
 
220 aa  201  9e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.73 
 
 
236 aa  200  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
224 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
235 aa  199  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.08 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
235 aa  198  3.9999999999999996e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
223 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.19 
 
 
247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
234 aa  198  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
234 aa  198  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.75 
 
 
234 aa  198  6e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
238 aa  197  7e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
230 aa  198  7e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0465  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.710301  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2328  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.29 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.377828  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0584  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.821706  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0441  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3028  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0136369  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.11 
 
 
235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2786  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  45.71 
 
 
217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2472  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.29 
 
 
232 aa  196  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.23 
 
 
218 aa  195  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46660  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
224 aa  195  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.29 
 
 
231 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1048  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.12 
 
 
226 aa  195  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000483627  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
224 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0508  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
228 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.471552  normal  0.840535 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.67 
 
 
220 aa  194  8.000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2858  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
228 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2230  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.5 
 
 
227 aa  194  9e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.375841  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.24 
 
 
219 aa  194  9e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.24 
 
 
218 aa  194  9e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2582  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.27 
 
 
230 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.76 
 
 
221 aa  193  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.79 
 
 
243 aa  193  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.76 
 
 
221 aa  193  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3176  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.8 
 
 
266 aa  193  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3692  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
225 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.26 
 
 
225 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0292  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
225 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3466  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.29 
 
 
229 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0874335  normal  0.826504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.02 
 
 
219 aa  192  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.23 
 
 
227 aa  193  2e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1342  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.5 
 
 
224 aa  193  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.361236 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1911  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.28 
 
 
230 aa  192  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.822201  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4056  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.07 
 
 
225 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00103124  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1057  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
223 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0312064  normal  0.484494 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.31 
 
 
229 aa  193  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4787  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
224 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.750334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.8 
 
 
233 aa  192  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0253  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
225 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.67 
 
 
217 aa  192  3e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
216 aa  192  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1715  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.99 
 
 
229 aa  192  4e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.46 
 
 
228 aa  192  4e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
224 aa  191  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
224 aa  191  5e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1994  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.46 
 
 
229 aa  191  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4601  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
225 aa  191  6e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.361738  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3879  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.6 
 
 
225 aa  191  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5120  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
224 aa  191  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.5 
 
 
222 aa  191  7e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>