More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0858 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
223 aa  443  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  81.74 
 
 
218 aa  352  2.9999999999999997e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.85 
 
 
231 aa  336  1.9999999999999998e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  81.53 
 
 
222 aa  334  7e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  76.02 
 
 
221 aa  325  4.0000000000000003e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  75.34 
 
 
219 aa  311  5.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  70.97 
 
 
223 aa  296  1e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.28 
 
 
225 aa  289  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  65.44 
 
 
220 aa  289  2e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.28 
 
 
234 aa  286  1e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.81 
 
 
224 aa  286  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.81 
 
 
224 aa  286  2e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.81 
 
 
224 aa  286  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.67 
 
 
220 aa  285  2.9999999999999996e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.94 
 
 
220 aa  285  4e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.67 
 
 
221 aa  275  4e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.65 
 
 
240 aa  275  6e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.68 
 
 
226 aa  273  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.86 
 
 
230 aa  272  3e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.56 
 
 
216 aa  272  4.0000000000000004e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  68.49 
 
 
221 aa  268  4e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.08 
 
 
241 aa  267  1e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.5 
 
 
232 aa  266  2e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.93 
 
 
222 aa  265  2.9999999999999995e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.04 
 
 
254 aa  263  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.64 
 
 
236 aa  262  3e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.26 
 
 
229 aa  261  8.999999999999999e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  67.73 
 
 
229 aa  258  4e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.75 
 
 
228 aa  258  6e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.6 
 
 
222 aa  254  8e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.98 
 
 
228 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.19 
 
 
224 aa  251  5.000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.53 
 
 
221 aa  251  8.000000000000001e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.45 
 
 
226 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
226 aa  241  9e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.38 
 
 
228 aa  235  5.0000000000000005e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454647  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.75 
 
 
223 aa  234  8e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.75 
 
 
219 aa  228  8e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
218 aa  216  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
221 aa  216  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.66 
 
 
221 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
221 aa  215  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.43 
 
 
229 aa  216  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  215  5e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  215  5e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  215  5e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  215  5e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  215  5e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  215  5e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  215  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.77 
 
 
214 aa  214  7e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
214 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
220 aa  212  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
214 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
221 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
221 aa  207  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
221 aa  206  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
221 aa  206  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.54 
 
 
224 aa  205  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
230 aa  205  5e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
218 aa  205  5e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.13 
 
 
216 aa  204  8e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
224 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
236 aa  204  1e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
224 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.89 
 
 
247 aa  203  2e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.95 
 
 
218 aa  202  4e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
235 aa  202  5e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
235 aa  201  7e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.51 
 
 
219 aa  201  7e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
235 aa  201  8e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
221 aa  201  9e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.86 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  38.68 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.98 
 
 
238 aa  198  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.61 
 
 
219 aa  198  5e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.89 
 
 
221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.03 
 
 
232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.3 
 
 
219 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
234 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
234 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1048  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
226 aa  194  7e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000483627  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.33 
 
 
220 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.33 
 
 
220 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0074  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
224 aa  194  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
236 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
225 aa  193  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.12 
 
 
231 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.93 
 
 
224 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.03 
 
 
220 aa  192  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
225 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.93 
 
 
224 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.36 
 
 
225 aa  192  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2492  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.54 
 
 
223 aa  192  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.23 
 
 
221 aa  192  5e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.62 
 
 
227 aa  191  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.28 
 
 
223 aa  191  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>