More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_16110 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_16110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
228 aa  461  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454647  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.58 
 
 
220 aa  285  2.9999999999999996e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.02 
 
 
220 aa  281  5.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.68 
 
 
240 aa  281  6.000000000000001e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  63.85 
 
 
226 aa  280  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.85 
 
 
230 aa  276  2e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
223 aa  274  9e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.89 
 
 
221 aa  268  5e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.91 
 
 
241 aa  266  2e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.38 
 
 
231 aa  266  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.37 
 
 
220 aa  265  4e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  59.62 
 
 
218 aa  260  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  65.44 
 
 
221 aa  256  2e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.38 
 
 
223 aa  255  5e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.56 
 
 
221 aa  248  5e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.37 
 
 
222 aa  244  8e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.6 
 
 
221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.87 
 
 
223 aa  237  1e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.66 
 
 
222 aa  236  2e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.81 
 
 
219 aa  235  4e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
224 aa  226  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
224 aa  226  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
224 aa  226  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.69 
 
 
234 aa  225  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.43 
 
 
228 aa  224  7e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
225 aa  223  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.71 
 
 
228 aa  220  9.999999999999999e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.76 
 
 
216 aa  218  7.999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.66 
 
 
224 aa  217  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.78 
 
 
232 aa  216  2e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.26 
 
 
222 aa  214  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.83 
 
 
229 aa  214  9.999999999999999e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.95 
 
 
229 aa  206  3e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.17 
 
 
226 aa  204  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.64 
 
 
226 aa  202  4e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.14 
 
 
214 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.87 
 
 
218 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.77 
 
 
254 aa  188  5e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.47 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
236 aa  187  9e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.75 
 
 
228 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.67 
 
 
221 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.98 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.91 
 
 
223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0156  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.75 
 
 
223 aa  180  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.95 
 
 
228 aa  179  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0494  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.85 
 
 
232 aa  179  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.98 
 
 
223 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.58 
 
 
225 aa  178  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.41 
 
 
230 aa  179  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
236 aa  178  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0177  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.28 
 
 
223 aa  178  7e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.165855  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.66 
 
 
224 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.52 
 
 
228 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.34 
 
 
226 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.21 
 
 
224 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.75 
 
 
229 aa  176  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.34 
 
 
226 aa  176  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0479  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.06 
 
 
224 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.33 
 
 
220 aa  176  4e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.14 
 
 
225 aa  175  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.06 
 
 
221 aa  175  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.06 
 
 
221 aa  175  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.04 
 
 
218 aa  174  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1048  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.97 
 
 
226 aa  174  9e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000483627  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
225 aa  174  9e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1028  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.81 
 
 
215 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.198537  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.9 
 
 
220 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
225 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.62 
 
 
224 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4787  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.84 
 
 
224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.750334 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0167  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.47 
 
 
222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.13 
 
 
221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.58 
 
 
225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.58 
 
 
225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.58 
 
 
225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.83 
 
 
227 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.44 
 
 
219 aa  171  5.999999999999999e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1715  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.66 
 
 
229 aa  171  6.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.78 
 
 
224 aa  171  6.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.45 
 
 
225 aa  171  7.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.241717  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.46 
 
 
228 aa  171  9e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  35.98 
 
 
220 aa  171  9e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
221 aa  170  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.19 
 
 
216 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0532  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.71 
 
 
238 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46660  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.16 
 
 
224 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0244  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.78 
 
 
224 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1057  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.13 
 
 
223 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0312064  normal  0.484494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0446  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.12 
 
 
224 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.338349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>