More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1322 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
220 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  75.59 
 
 
219 aa  320  7e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  73.61 
 
 
220 aa  319  3e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.56 
 
 
223 aa  318  5e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  69.34 
 
 
219 aa  284  5.999999999999999e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.47 
 
 
221 aa  283  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.36 
 
 
220 aa  281  4.0000000000000003e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  66.36 
 
 
220 aa  281  4.0000000000000003e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.98 
 
 
227 aa  281  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.72 
 
 
227 aa  275  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  61.86 
 
 
227 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.54 
 
 
243 aa  263  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.9 
 
 
236 aa  262  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.37 
 
 
244 aa  262  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.97 
 
 
233 aa  260  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.82 
 
 
225 aa  259  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.82 
 
 
225 aa  259  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.02 
 
 
225 aa  259  3e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.73 
 
 
226 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.79 
 
 
234 aa  258  6e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.81 
 
 
225 aa  257  9e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.55 
 
 
226 aa  256  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  61.93 
 
 
232 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.35 
 
 
225 aa  255  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2786  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.27 
 
 
234 aa  252  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0350  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.27 
 
 
226 aa  250  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.027158  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0361  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.27 
 
 
226 aa  250  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.99 
 
 
228 aa  250  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.11 
 
 
232 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.8 
 
 
225 aa  250  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.03 
 
 
232 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1430  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.38 
 
 
236 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0377706 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.91 
 
 
221 aa  248  4e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2864  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.38 
 
 
236 aa  248  5e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.72 
 
 
226 aa  248  5e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.98 
 
 
227 aa  248  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2371  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.41 
 
 
227 aa  248  6e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.53 
 
 
221 aa  247  8e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3028  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.19 
 
 
234 aa  247  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0136369  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.34 
 
 
225 aa  246  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58.26 
 
 
225 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.6 
 
 
224 aa  246  2e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.07 
 
 
228 aa  246  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0494  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.91 
 
 
232 aa  246  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.6 
 
 
214 aa  245  3e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2218  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.03 
 
 
233 aa  245  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.76 
 
 
218 aa  245  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.67 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.67 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.67 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.02 
 
 
233 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.67 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.05 
 
 
232 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.67 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.67 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  60 
 
 
214 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.47 
 
 
233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.14 
 
 
214 aa  241  3.9999999999999997e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.48 
 
 
223 aa  241  3.9999999999999997e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.21 
 
 
214 aa  241  5e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.33 
 
 
221 aa  241  6e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.33 
 
 
221 aa  241  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.21 
 
 
214 aa  241  7e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0532  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.34 
 
 
238 aa  241  7e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.53 
 
 
223 aa  241  7.999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3006  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.44 
 
 
232 aa  240  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.5 
 
 
218 aa  239  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3121  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.82 
 
 
241 aa  239  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.798582  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3176  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.56 
 
 
266 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3660  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
230 aa  238  5.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2756  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.39 
 
 
241 aa  237  8e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.3 
 
 
224 aa  238  8e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0722  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.45 
 
 
227 aa  237  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.25 
 
 
225 aa  237  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
230 aa  236  2e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0163  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56.11 
 
 
241 aa  236  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.468376  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.76 
 
 
224 aa  236  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.54 
 
 
216 aa  236  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1198  Ribulose-phosphate 3-epimerase  63.16 
 
 
227 aa  236  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00622607 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2879  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.95 
 
 
242 aa  236  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.403873  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
228 aa  235  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.28 
 
 
238 aa  235  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3899  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.79 
 
 
228 aa  235  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312657 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.5 
 
 
227 aa  234  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.75 
 
 
243 aa  234  6e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
225 aa  234  9e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0292  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.87 
 
 
225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.39 
 
 
239 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0508  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.71 
 
 
228 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.471552  normal  0.840535 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3692  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.79 
 
 
225 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0253  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.87 
 
 
225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2858  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.71 
 
 
228 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3700  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.87 
 
 
236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.56 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.31 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3888  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.87 
 
 
225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.384968 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.26 
 
 
228 aa  232  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4466  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
231 aa  232  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1911  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.13 
 
 
230 aa  231  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.822201  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0465  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.26 
 
 
228 aa  231  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.710301  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>