83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0409 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_13590  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  61.31 
 
 		 552 aa  651    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.080698  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0409  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 561 aa  1142    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.665828  normal  0.0938708 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10080  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  51.48 
 
 		 544 aa  551  1e-155  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1319  extracellular solute-binding protein family 1  50.18 
 
 		 548 aa  494  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.981957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1609  ABC-type sugar transport system periplasmic component  41.97 
 
 		 557 aa  434  1e-120  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.051709  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3336  extracellular solute-binding protein family 1  42.59 
 
 		 537 aa  427  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2170  extracellular solute-binding protein family 1  42.24 
 
 		 532 aa  415  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76717  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5565  extracellular solute-binding protein family 1  40.33 
 
 		 552 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.379464  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1293  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  40.4 
 
 		 564 aa  349  9e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.719816 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1769  hypothetical protein  36.38 
 
 		 560 aa  348  2e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0593052  normal  0.250375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4682  extracellular solute-binding protein family 1  37.54 
 
 		 565 aa  341  2e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00316141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4938  ABC-type sugar transport system periplasmic component  32.07 
 
 		 558 aa  267  4e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000971011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6724  extracellular solute-binding protein family 1  30.55 
 
 		 563 aa  213  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1579  putative lipoprotein precursor LplA  29.29 
 
 		 552 aa  187  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1437  extracellular solute-binding protein family 1  29.26 
 
 		 544 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.402875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3388  extracellular solute-binding protein family 1  28.46 
 
 		 547 aa  178  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5755  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.73 
 
 		 544 aa  173  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.813391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04170  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.54 
 
 		 547 aa  170  5e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.401805  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0130  extracellular solute-binding protein family 1  27.61 
 
 		 561 aa  168  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05750  hypothetical protein  28.87 
 
 		 568 aa  154  5e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.182981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4040  hypothetical protein  26.82 
 
 		 567 aa  129  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0775  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 523 aa  90.5  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.062981  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3316  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 509 aa  89  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3114  extracellular solute-binding protein family 1  22.54 
 
 		 510 aa  82  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0948  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 		 525 aa  77  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000245196  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0341  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 537 aa  67.4  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1101  extracellular solute-binding protein family 1  22.67 
 
 		 567 aa  63.2  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29210  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.09 
 
 		 503 aa  61.6  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 443 aa  60.1  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1870  extracellular solute-binding protein family 1  27.75 
 
 		 492 aa  58.5  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.440802  normal  0.959587 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2733  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 533 aa  54.7  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000105202  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0279  extracellular solute-binding protein family 1  21.36 
 
 		 510 aa  54.7  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.795384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 		 446 aa  54.3  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1561  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  25.09 
 
 		 553 aa  54.3  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.129044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 421 aa  52.8  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0513  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 		 447 aa  52.8  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000000038068  hitchhiker  0.000703825 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5698  extracellular solute-binding protein family 1  28.04 
 
 		 412 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145305  normal  0.141272 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 410 aa  52  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2399  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 553 aa  51.2  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000923736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2308  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 440 aa  50.8  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253431  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1979  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 		 542 aa  50.8  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1990  extracellular solute-binding protein family 1  25.1 
 
 		 366 aa  50.4  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29320  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.47 
 
 		 443 aa  50.4  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 399 aa  49.7  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3821  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 		 553 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2115  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 		 432 aa  49.7  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.845793  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4051  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 		 434 aa  49.7  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 		 410 aa  48.5  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 424 aa  48.5  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2998  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 552 aa  48.5  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.58673  normal  0.432395 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.83 
 
 		 420 aa  48.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 414 aa  48.5  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 415 aa  47.8  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  24.12 
 
 		 495 aa  47.4  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  20.57 
 
 		 544 aa  47  0.0009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3566  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 454 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.42847  normal  0.297516 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  28.28 
 
 		 504 aa  46.6  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 382 aa  47  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3323  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 		 552 aa  47  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.175879  normal  0.023879 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3730  extracellular solute-binding protein family 1  34.35 
 
 		 435 aa  46.6  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.163607  normal  0.040318 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  34.07 
 
 		 410 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2091  extracellular solute-binding protein family 1  22.81 
 
 		 522 aa  47  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00542537  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 		 435 aa  46.6  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  26.04 
 
 		 403 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12078  sugar-binding lipoprotein  27.03 
 
 		 439 aa  46.2  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1359  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 458 aa  45.8  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.62 
 
 		 412 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 412 aa  46.2  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  28.26 
 
 		 444 aa  45.4  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1269  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 412 aa  45.1  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.54 
 
 		 419 aa  45.4  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 420 aa  45.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 		 404 aa  44.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4016  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.5 
 
 		 437 aa  45.1  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3709  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 437 aa  45.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3575  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.5 
 
 		 437 aa  45.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0596  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 390 aa  44.7  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00439649  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 424 aa  44.7  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2194  extracellular solute-binding protein  48.89 
 
 		 414 aa  44.3  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00903267  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1762  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  32.5 
 
 		 438 aa  44.3  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000740157  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  22.7 
 
 		 415 aa  44.3  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4308  beta-lactamase  40.51 
 
 		 650 aa  43.9  0.008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.805936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 408 aa  43.5  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>