More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5371 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
286 aa  570  1e-161  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
285 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
292 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
286 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.217437 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
280 aa  125  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3634  Dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)-like protein  42.53 
 
 
259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 
279 aa  87  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.53 
 
 
286 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.53 
 
 
281 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.53 
 
 
281 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.53 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
277 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.29 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
276 aa  73.9  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
271 aa  72.8  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
278 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
278 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
273 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
278 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
281 aa  70.9  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
284 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  24.51 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
292 aa  68.9  0.00000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.59 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  30.39 
 
 
272 aa  67  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.06 
 
 
312 aa  67  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.65 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.14 
 
 
268 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
347 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16460  oxdoreductase  26.91 
 
 
309 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 
340 aa  65.1  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  27.78 
 
 
296 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.4 
 
 
270 aa  63.5  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02715  conserved hypothetical protein  25.23 
 
 
324 aa  62.8  0.000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.12399 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0644  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
252 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.22 
 
 
254 aa  62  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.11 
 
 
287 aa  61.6  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  30.59 
 
 
317 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.53 
 
 
307 aa  61.2  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
296 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0081  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.11 
 
 
245 aa  61.2  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.346377  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.9 
 
 
288 aa  60.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 
303 aa  60.8  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
249 aa  60.8  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.32 
 
 
288 aa  60.1  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.41 
 
 
312 aa  60.1  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
290 aa  60.1  0.00000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29217  predicted protein  27.72 
 
 
393 aa  60.1  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.01 
 
 
315 aa  59.3  0.00000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.75 
 
 
304 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 
259 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  24.57 
 
 
301 aa  58.2  0.0000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.19 
 
 
268 aa  58.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
305 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
349 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.01 
 
 
312 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00905  oxidoreductase protein  25.78 
 
 
302 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.870044 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 
276 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
253 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.19061  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
253 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22566  normal  0.805901 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.68 
 
 
247 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
253 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669681 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  28.41 
 
 
321 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
247 aa  57  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29 
 
 
311 aa  57  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  23.46 
 
 
308 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
257 aa  56.2  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  27.17 
 
 
306 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
266 aa  55.8  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.21 
 
 
257 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
287 aa  55.5  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.29 
 
 
266 aa  55.5  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.24 
 
 
282 aa  55.5  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
252 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
253 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
254 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.65 
 
 
316 aa  55.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.32 
 
 
263 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000362562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3469  putative short-chain dehydrogenase  35.48 
 
 
252 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1815  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
258 aa  55.5  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.644023 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
269 aa  55.1  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
288 aa  55.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3773  short chain dehydrogenase  31.54 
 
 
273 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302075  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
286 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 
280 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.57 
 
 
247 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
253 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0599509 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
260 aa  54.3  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.32 
 
 
246 aa  54.3  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.83 
 
 
240 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.956493  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.29 
 
 
327 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
253 aa  53.9  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.88 
 
 
237 aa  53.9  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  24 
 
 
311 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0190  short chain dehydrogenase  29.93 
 
 
259 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
261 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>