117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00905 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00905  oxidoreductase protein  100 
 
 
302 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.870044 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16460  oxdoreductase  77.21 
 
 
309 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0475  putative oxidoreductase protein  60 
 
 
297 aa  323  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.597423  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
277 aa  68.6  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  25 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
282 aa  67  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 
326 aa  66.2  0.0000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 
254 aa  64.3  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.32 
 
 
308 aa  63.5  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02715  conserved hypothetical protein  23.11 
 
 
324 aa  61.2  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.12399 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_32314  predicted protein  33.33 
 
 
388 aa  60.8  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
271 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 
281 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
284 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02813  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_2G04560)  26.15 
 
 
268 aa  58.5  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000285176  normal  0.115904 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.99 
 
 
340 aa  58.9  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.78 
 
 
286 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.69 
 
 
349 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1554  hypothetical protein  60 
 
 
51 aa  57.4  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.385384  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.63 
 
 
290 aa  57  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.03 
 
 
286 aa  57  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.83 
 
 
320 aa  56.6  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_30578  predicted protein  21.43 
 
 
352 aa  56.2  0.0000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 
281 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  22.84 
 
 
309 aa  55.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
312 aa  55.8  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3634  Dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)-like protein  27.11 
 
 
259 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.48 
 
 
285 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.38 
 
 
289 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01596  conserved hypothetical protein  25.62 
 
 
333 aa  54.7  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
286 aa  54.7  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.217437 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2577  short chain dehydrogenase  26.7 
 
 
316 aa  55.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  27.07 
 
 
598 aa  53.9  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.82 
 
 
288 aa  53.1  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  24.24 
 
 
311 aa  52.8  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.58 
 
 
297 aa  52.8  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.07 
 
 
317 aa  52.4  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  23.34 
 
 
309 aa  52  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
285 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 
292 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  23.39 
 
 
312 aa  52  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 
326 aa  51.2  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  25.57 
 
 
301 aa  50.8  0.00003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  24.01 
 
 
309 aa  50.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5573  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 
259 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.590665  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1053  oxidoreductase  23.22 
 
 
319 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176111  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.07 
 
 
312 aa  50.4  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  25 
 
 
296 aa  50.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  26.46 
 
 
302 aa  49.7  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.97 
 
 
303 aa  49.3  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04726  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G10790)  28.75 
 
 
453 aa  48.9  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.934862 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.69 
 
 
291 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.15 
 
 
310 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81469  short-chain alcohol dehydrogenase retinol dehydrogenase Protochlorophyllide reductase  22.71 
 
 
334 aa  48.5  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.761909  normal  0.570556 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.45 
 
 
301 aa  48.5  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.99 
 
 
326 aa  48.1  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.7 
 
 
322 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26328  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.72 
 
 
292 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.18 
 
 
309 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.22 
 
 
315 aa  47.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.839369  normal  0.374763 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 
280 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
328 aa  47  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13582  short chain dehydrogenase  25 
 
 
259 aa  47  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.117031 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_11122  conserved hypothetical protein  29.92 
 
 
311 aa  46.6  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0829795 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 
259 aa  46.6  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03305  short chain dehydrogenase/reductase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G14310)  25.71 
 
 
331 aa  45.1  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.23 
 
 
314 aa  45.4  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1462  short chain dehydrogenase  24.81 
 
 
259 aa  45.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780505  normal  0.472933 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0524  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 
263 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15620  oxidoreductase  26.6 
 
 
320 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000160845  hitchhiker  2.2896399999999997e-20 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.75 
 
 
288 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 
296 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  28.85 
 
 
232 aa  45.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.19 
 
 
271 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10890  putative short-chain dehydrogenase  33.85 
 
 
241 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0306888  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
290 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
251 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  25.23 
 
 
317 aa  44.3  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0999  putative short-chain dehydrogenase  33.85 
 
 
241 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3626  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.62 
 
 
306 aa  44.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.474498  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.82 
 
 
335 aa  45.1  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.74 
 
 
269 aa  45.1  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1617  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
229 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1857  short chain dehydrogenase  30.95 
 
 
245 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.960393 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 
246 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal  0.505447 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4041  short chain dehydrogenase  24.29 
 
 
313 aa  44.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.138801  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 
340 aa  45.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.809218 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
263 aa  43.9  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
263 aa  43.9  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0549693 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.11 
 
 
320 aa  44.3  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.91 
 
 
287 aa  44.3  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.76 
 
 
280 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 
297 aa  44.3  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
340 aa  44.3  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.138732  normal  0.0406215 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
229 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2361  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
243 aa  43.9  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
263 aa  43.5  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.978544 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.81 
 
 
306 aa  43.9  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.83 
 
 
304 aa  43.5  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  25.74 
 
 
252 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>