More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1060 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
263 aa  529  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.15 
 
 
267 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
271 aa  198  7e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.18 
 
 
252 aa  190  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  42.22 
 
 
257 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5514  cyclopentanol dehydrogenase  41.29 
 
 
264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3543  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
259 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
250 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.18 
 
 
250 aa  177  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
250 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
269 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157293  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
254 aa  168  9e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
251 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.51 
 
 
256 aa  166  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  41.06 
 
 
282 aa  165  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
252 aa  161  9e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
251 aa  160  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
255 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
268 aa  159  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
255 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
256 aa  159  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
249 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
244 aa  157  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
259 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
245 aa  151  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
249 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
252 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
255 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.0696546 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
253 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0242  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.83 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
251 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.6 
 
 
243 aa  145  6e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1552  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
255 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  37.78 
 
 
259 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
248 aa  144  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  34.46 
 
 
258 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1174  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
252 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.252044 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2292  short chain dehydrogenase  35.96 
 
 
262 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.295109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7160  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
252 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0524  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 
263 aa  142  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
255 aa  141  9e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  37.12 
 
 
260 aa  141  9e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4881  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.161371  normal  0.29273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5530  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
262 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
250 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2217  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0283  short chain dehydrogenase  36.3 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.879782  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1627  short chain dehydrogenase  36.3 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3706  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 
262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2649  short chain dehydrogenase  36.3 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2511  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4933  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
262 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.545921 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0246  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 
265 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0943  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 
265 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1368  short chain dehydrogenase  35.58 
 
 
261 aa  139  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
261 aa  139  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
253 aa  139  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
274 aa  139  6e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1430  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 
265 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 
250 aa  137  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1576  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.72 
 
 
268 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.29701  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4559  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 
262 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3804  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 
262 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.101152 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3720  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 
262 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0906259  normal  0.2081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  35.96 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
255 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.201856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
254 aa  135  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
247 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
245 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
245 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.4 
 
 
288 aa  135  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
252 aa  132  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
248 aa  132  7.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161777  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.746696  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.772329 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  0.189586 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0572934  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  36.02 
 
 
251 aa  130  3e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
253 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  35.58 
 
 
257 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
260 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
246 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
262 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.41 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  31.94 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>