More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2361 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2361  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 243 aa  487  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1857  short chain dehydrogenase  94.65 
 
 		 245 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.960393 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0361  short chain dehydrogenase  68.18 
 
 		 244 aa  337  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000319132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0688  short chain dehydrogenase  48.54 
 
 		 237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.437388  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 245 aa  194  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7169  short chain dehydrogenase  44.12 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1856  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.21396  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 		 237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.998256 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3502  putative oxidoreductase  37.5 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.398353 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0234  short chain dehydrogenase  42.98 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100339 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2285  short chain dehydrogenase  38.77 
 
 		 233 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13195  short chain dehydrogenase  44.64 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.433482 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0406  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.603523  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0088  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0587  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0426  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2001  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3095  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2696  putative short-chain oxidoreductase  37.61 
 
 		 256 aa  148  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0368477  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.169085  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1290  short chain dehydrogenase  42.15 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0292  short chain dehydrogenase  37.23 
 
 		 243 aa  145  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.640514  hitchhiker  0.000719162 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2287  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 		 234 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 		 239 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0209  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.665383  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0817814 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4798  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0305  short chain dehydrogenase  44.83 
 
 		 234 aa  139  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.123589  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2067  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 		 265 aa  138  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0338341  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5406  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 		 234 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5455  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 		 234 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1497  protein of unknown function DUF35  33.2 
 
 		 417 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0196  short chain dehydrogenase  39.65 
 
 		 234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.641579  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4814  short chain dehydrogenase  38.77 
 
 		 234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.910102 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10890  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.6 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5340  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.980591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6083  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0351  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 332 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.853624  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2675  hypothetical protein  33.2 
 
 		 417 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0036  putative short chain dehydrogenase  39.83 
 
 		 232 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00856815  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4383  short chain dehydrogenase  42.15 
 
 		 234 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37030  short-chain alcohol dehydrogenase  42.73 
 
 		 241 aa  129  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.731779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0101  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 		 234 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451177  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0488  short chain dehydrogenase  38.86 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132567  normal  0.124295 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37000  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.48 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.559047 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.26 
 
 		 258 aa  126  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0510  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 		 228 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1361  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 234 aa  125  7e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.338763  normal  0.94608 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0499  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 		 228 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.666378 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 243 aa  122  7e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.809428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 		 276 aa  122  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.225539 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6375  putative short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 231 aa  120  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.930619 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 237 aa  118  9e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0560826 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 		 237 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.138824 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 		 237 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 		 257 aa  115  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3255  putative short chain dehydrogenase  33.47 
 
 		 413 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.695501  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0874  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 		 274 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.315729  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 285 aa  106  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00800542  normal  0.26199 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 		 290 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000187582  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.24 
 
 		 284 aa  104  1e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 		 298 aa  102  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 		 270 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.349709 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 		 293 aa  102  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16295  predicted protein  31.12 
 
 		 237 aa  102  8e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0303319  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0971  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.22 
 
 		 287 aa  101  9e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.76 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 418 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2769  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 		 250 aa  99.8  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 		 254 aa  99.4  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.16188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.64 
 
 		 257 aa  99.4  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.08 
 
 		 252 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 		 247 aa  99  6e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 		 295 aa  99  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 261 aa  99  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 		 272 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85576  1-acyl dihydroxyacetone phosphate reductase  33.85 
 
 		 297 aa  97.8  1e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.764393  hitchhiker  0.00283469 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3866  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 258 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>