More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1647 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.48 
 
 
251 aa  362  3e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.86 
 
 
251 aa  341  5.999999999999999e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.315729  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  66.67 
 
 
252 aa  340  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2769  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
252 aa  340  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16840  short-chain dehydrogenase, teichoic and lipoteichoic acid D-alanine esterification  51.21 
 
 
256 aa  239  5e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0203884 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
256 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.117974  normal  0.033856 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
250 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130584  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
252 aa  210  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.717982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
256 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.434402  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
253 aa  209  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120533  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.93 
 
 
247 aa  205  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
252 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
252 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
252 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
248 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
250 aa  198  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
249 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.898611  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
257 aa  181  8.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.69 
 
 
264 aa  176  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427609  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
264 aa  169  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.82 
 
 
258 aa  168  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1582  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  42.33 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.39 
 
 
257 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 
260 aa  156  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.488757  normal  0.0305569 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0143  Short-chain dehydrogenase (D-alanine transfer protein)  41.36 
 
 
261 aa  152  7e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.07 
 
 
242 aa  148  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
241 aa  147  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
253 aa  145  9e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00176111  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
278 aa  138  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
241 aa  135  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.57822  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0044  D-alanine transfer protein, short-chain dehydrogenase  34.29 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.170136  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.200672  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
256 aa  125  9e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2258  oxidoreductase  36.22 
 
 
244 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.188796  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10469  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G01330)  34.08 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.331607  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243051  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
247 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.938804 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
247 aa  115  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
264 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
246 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277781  normal  0.0166501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
248 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3735  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
281 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
272 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
240 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  36.96 
 
 
245 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
248 aa  105  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0361  short chain dehydrogenase  36.04 
 
 
244 aa  105  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000319132  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46707  predicted protein  32.55 
 
 
260 aa  104  1e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.125621  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.45 
 
 
249 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748494  normal  0.932613 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2361  short chain dehydrogenase  33.51 
 
 
243 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3201  oxidoreductase protein  38.96 
 
 
179 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0457415 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
272 aa  103  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 
281 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
266 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
250 aa  103  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12680  short chain dehydrogenase  35.26 
 
 
278 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 
279 aa  102  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1857  short chain dehydrogenase  34.02 
 
 
245 aa  102  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.960393 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
255 aa  102  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
242 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
268 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
250 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22723  normal  0.897045 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
254 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.14 
 
 
250 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
252 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000475718  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
330 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05556  conserved hypothetical protein  33.85 
 
 
266 aa  100  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.77 
 
 
257 aa  100  3e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
255 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000309791  hitchhiker  0.00252207 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
256 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
252 aa  99.4  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.44 
 
 
254 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 
330 aa  99  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
255 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
254 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
248 aa  99  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467056  normal  0.141575 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00618  conserved hypothetical protein  34.65 
 
 
268 aa  98.6  8e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.767704 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
261 aa  98.6  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
250 aa  98.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1614  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.57 
 
 
248 aa  98.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
256 aa  98.6  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 
293 aa  97.8  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1418  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.11 
 
 
248 aa  98.6  1e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000653973  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
267 aa  98.2  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  32.91 
 
 
304 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
253 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000149507  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
280 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1748  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.86 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124318  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.86 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1660  3-hydroxy acid dehydrogenase  32 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00687336  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1826  3-hydroxy acid dehydrogenase  32 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0315451  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1682  3-hydroxy acid dehydrogenase  32 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97667  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.15 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.86 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.5514199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>