More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4574 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  100 
 
 
270 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  95.19 
 
 
270 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  95.56 
 
 
270 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  85.4 
 
 
274 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  74.25 
 
 
272 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  73.13 
 
 
272 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  70.7 
 
 
298 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1225  short chain dehydrogenase  72.12 
 
 
276 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13680  short chain dehydrogenase  71 
 
 
276 aa  342  5e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.995121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0945  short chain dehydrogenase  68.98 
 
 
274 aa  341  7e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
306 aa  161  8.000000000000001e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  40.66 
 
 
283 aa  156  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  40.66 
 
 
283 aa  155  7e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  38.06 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
314 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
272 aa  149  5e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
285 aa  149  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 
279 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0984  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
283 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  34.18 
 
 
279 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
280 aa  143  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  37.12 
 
 
277 aa  143  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  37.96 
 
 
277 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10875  short chain dehydrogenase/reductase (Ayr1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04530)  37.13 
 
 
297 aa  142  4e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
278 aa  142  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
285 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
338 aa  142  6e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.16 
 
 
272 aa  141  9.999999999999999e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.23 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.59 
 
 
273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  34.57 
 
 
278 aa  140  3e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
276 aa  138  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
271 aa  137  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
266 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
280 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  34.57 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
272 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 
256 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
277 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
275 aa  135  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  35.06 
 
 
275 aa  135  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  37.2 
 
 
274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  32.47 
 
 
275 aa  135  9e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
281 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  41.36 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.36 
 
 
256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  41.36 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  41.18 
 
 
279 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  41.36 
 
 
269 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  41.36 
 
 
269 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  41.36 
 
 
269 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  41.36 
 
 
256 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  41.36 
 
 
269 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 
256 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  38.6 
 
 
344 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 
256 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 
256 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 
256 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
283 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
285 aa  132  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 
256 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.4 
 
 
281 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  42.33 
 
 
284 aa  132  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  38.29 
 
 
279 aa  131  9e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  36.49 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05379  conserved hypothetical protein  32.96 
 
 
365 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.228242  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85576  1-acyl dihydroxyacetone phosphate reductase  32.37 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.764393  hitchhiker  0.00283469 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  40.84 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.76 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10399  short-chain dehydrogenase/reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03370)  32.37 
 
 
285 aa  130  3e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.94715  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
276 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 
276 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  34.46 
 
 
287 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03276  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_2G14460)  34.66 
 
 
279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0176594 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  41.88 
 
 
256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54648  1-Acyl dihydroxyacetone phosphate reductase  33.46 
 
 
297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.329924  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
267 aa  129  6e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  30.66 
 
 
283 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
280 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
277 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
286 aa  129  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
277 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
286 aa  128  9.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
249 aa  128  9.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>