More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4846 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
292 aa  579  1e-164  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
280 aa  286  4e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.72 
 
 
294 aa  224  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3634  Dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)-like protein  41.09 
 
 
259 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
286 aa  170  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.217437 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
285 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
286 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
288 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
349 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  28.43 
 
 
308 aa  92.8  7e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
282 aa  91.7  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
290 aa  91.7  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  28.43 
 
 
300 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
292 aa  89  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
292 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
281 aa  80.5  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
286 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
281 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  30.45 
 
 
303 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
312 aa  76.3  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
292 aa  75.9  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  28.43 
 
 
301 aa  75.5  0.0000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 
314 aa  73.9  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  31.96 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
302 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
304 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  28.94 
 
 
305 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17961  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  29.9 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.140714 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.94 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  29.22 
 
 
274 aa  71.2  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
284 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
277 aa  69.3  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  32.18 
 
 
598 aa  69.3  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
285 aa  68.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  30.3 
 
 
300 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
304 aa  68.9  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7668  putative short chain dehydrogenase  29.9 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.685626  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  30.81 
 
 
311 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.57 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
307 aa  68.2  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  30.19 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
284 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  27.94 
 
 
302 aa  67  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
303 aa  67  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 
326 aa  67  0.0000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  29.67 
 
 
305 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 
309 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.24 
 
 
328 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
279 aa  66.6  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
289 aa  66.2  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
276 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00455  probable oxidoreductase  30.41 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.49 
 
 
312 aa  66.2  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
298 aa  65.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
288 aa  65.1  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43791  predicted protein  29.48 
 
 
273 aa  65.5  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.944774  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 
303 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  29.96 
 
 
304 aa  63.9  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4041  short chain dehydrogenase  31.39 
 
 
313 aa  63.9  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.138801  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
286 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  26 
 
 
317 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.79 
 
 
315 aa  63.2  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.72 
 
 
288 aa  63.5  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15620  oxidoreductase  29.23 
 
 
320 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000160845  hitchhiker  2.2896399999999997e-20 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  22.89 
 
 
309 aa  63.5  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  24.12 
 
 
311 aa  63.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.64 
 
 
314 aa  62.8  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01783  short-chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G00280)  27.54 
 
 
661 aa  62.8  0.000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0309502 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
305 aa  62.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 
319 aa  62.4  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 
315 aa  62.4  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
274 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.32 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  27.86 
 
 
329 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  27.86 
 
 
333 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.86 
 
 
329 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  31.03 
 
 
321 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  26.87 
 
 
316 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
312 aa  60.8  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.86 
 
 
309 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 
276 aa  60.1  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  29.02 
 
 
299 aa  60.1  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
292 aa  59.7  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  29.17 
 
 
272 aa  59.7  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.67 
 
 
287 aa  59.7  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
251 aa  59.7  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  30.13 
 
 
296 aa  59.3  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  22.22 
 
 
309 aa  59.3  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 
308 aa  59.3  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>