More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3342 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
285 aa  555  1e-157  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.217437 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.27 
 
 
280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3634  Dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)-like protein  51.16 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
292 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
286 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.49 
 
 
294 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.67 
 
 
326 aa  79.7  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 
292 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.31 
 
 
279 aa  72  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  26.94 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  30.81 
 
 
305 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
254 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.33 
 
 
281 aa  65.5  0.0000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
276 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29217  predicted protein  33.14 
 
 
393 aa  64.7  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.8 
 
 
304 aa  62.8  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
320 aa  63.2  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02715  conserved hypothetical protein  25.86 
 
 
324 aa  62.4  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.12399 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
286 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  24.28 
 
 
308 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
281 aa  62  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5643  short chain dehydrogenase  33.1 
 
 
262 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.633218 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 
280 aa  62  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  24.28 
 
 
300 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 
304 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
312 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
281 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  27.21 
 
 
271 aa  61.2  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01596  conserved hypothetical protein  31.25 
 
 
333 aa  60.5  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  24.38 
 
 
301 aa  60.5  0.00000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
286 aa  60.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.9 
 
 
312 aa  60.1  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 
249 aa  59.3  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
276 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 
349 aa  58.9  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  28.65 
 
 
321 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 
271 aa  58.9  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  30.11 
 
 
311 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16460  oxdoreductase  36.84 
 
 
309 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.86 
 
 
274 aa  58.2  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.7 
 
 
340 aa  58.2  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  30.23 
 
 
303 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
257 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
303 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 
288 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  30.68 
 
 
300 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.5 
 
 
307 aa  57.4  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 
305 aa  57.4  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  30.68 
 
 
300 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  30.23 
 
 
305 aa  57  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.61 
 
 
268 aa  56.6  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0644  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.56 
 
 
252 aa  56.6  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
257 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  28.49 
 
 
300 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  23.98 
 
 
316 aa  56.2  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  29.65 
 
 
302 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.66 
 
 
268 aa  56.2  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 
327 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  20.81 
 
 
309 aa  56.2  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  30.68 
 
 
300 aa  55.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
270 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  35.48 
 
 
296 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 
296 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03305  short chain dehydrogenase/reductase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G14310)  27.34 
 
 
331 aa  54.7  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26200  short chain dehydrogenase  33.1 
 
 
277 aa  54.3  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
304 aa  54.3  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
246 aa  54.7  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2020  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 
257 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 
312 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.19 
 
 
325 aa  54.3  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.167691 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 
303 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
274 aa  53.9  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
288 aa  53.9  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
305 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
314 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
271 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  30.3 
 
 
317 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.2 
 
 
316 aa  53.5  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  20.11 
 
 
309 aa  53.1  0.000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.07 
 
 
257 aa  53.5  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
290 aa  53.1  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  31.58 
 
 
272 aa  53.1  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 
295 aa  53.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 
325 aa  53.1  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.11239  normal  0.239777 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.65 
 
 
328 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165164  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
261 aa  53.1  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  30.83 
 
 
249 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3773  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
273 aa  53.1  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302075  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.27 
 
 
326 aa  52.8  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  22.83 
 
 
311 aa  52.8  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
244 aa  52.8  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202963  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.56 
 
 
285 aa  52.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.37 
 
 
249 aa  52.4  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  31.51 
 
 
267 aa  52.4  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  30.43 
 
 
260 aa  52.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>