234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1313 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1313  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  477  1e-134  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3108  TetR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 234 aa  198  7e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0175  TetR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000233696  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0928  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 461 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000384359  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2311  transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 233 aa  52.8  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 205 aa  52.8  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0477  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 202 aa  52.8  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4122  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.389931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4147  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1056  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  50.8  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0248365  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 215 aa  50.8  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 208 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 270 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 180 aa  49.3  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 225 aa  49.3  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  25.55 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 190 aa  49.3  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 211 aa  48.9  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 218 aa  48.9  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 190 aa  48.9  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 194 aa  48.5  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 210 aa  48.5  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3405  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 207 aa  48.5  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751749 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  29.33 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 192 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4638  putative transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.856697 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 186 aa  48.5  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  29.33 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  29.33 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  29.33 
 
 		 195 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  29.33 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  29.33 
 
 		 192 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  29.33 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2550  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.714249  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2595  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.470916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2589  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0467088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3709  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 221 aa  47  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0975739  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 212 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3581  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.919672  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 220 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 223 aa  46.6  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 206 aa  47  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  23.97 
 
 		 204 aa  47  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5487  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 205 aa  47  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 232 aa  46.6  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7126  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 192 aa  46.6  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.992897  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1307  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0245614  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 242 aa  46.6  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 225 aa  46.6  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0511  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 242 aa  46.2  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 233 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  42.22 
 
 		 217 aa  45.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 242 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 242 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 241 aa  46.2  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 217 aa  45.8  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 198 aa  45.8  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 214 aa  45.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 233 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 205 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 243 aa  45.4  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 194 aa  45.4  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  26.73 
 
 		 200 aa  45.4  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>