More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2436 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 337 aa  702    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  26.1 
 
 		 355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0775  anti-FecI sigma factor, FecR  31.9 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.909787  normal  0.445044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  32.56 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  33.77 
 
 		 322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  28.45 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  26.51 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  27.72 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  29.69 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  31.16 
 
 		 344 aa  99.8  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  27.08 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  28.34 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  32.73 
 
 		 332 aa  97.8  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  28.62 
 
 		 339 aa  96.7  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  30.34 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 		 339 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  26.16 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0442  anti-FecI sigma factor, FecR  28.79 
 
 		 262 aa  90.5  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0522826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  28.24 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  35.06 
 
 		 277 aa  86.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  25.09 
 
 		 368 aa  87  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  29.23 
 
 		 328 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  31.07 
 
 		 344 aa  86.7  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  29.23 
 
 		 381 aa  86.3  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  31.64 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1461  anti-FecI sigma factor, FecR  30.74 
 
 		 366 aa  85.9  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  29.35 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  33.8 
 
 		 378 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  30.41 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  32.31 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6426  anti-FecI sigma factor, FecR  30.29 
 
 		 397 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0583598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  27.18 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  33.78 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  25.85 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  31.25 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  26.25 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  25.88 
 
 		 360 aa  79.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  27.8 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  31.05 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  31.79 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  29.38 
 
 		 402 aa  77.4  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  27.62 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3790  FecR protein  31.31 
 
 		 392 aa  76.3  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  29.19 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  25.1 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  28.9 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1037  FecR protein  25.84 
 
 		 408 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3990  FecR protein  31.38 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  27.9 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  27.31 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  23.1 
 
 		 376 aa  73.2  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2948  anti-FecI sigma factor, FecR  31.41 
 
 		 398 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522825  normal  0.183052 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  33.14 
 
 		 389 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2711  FecR protein  29.38 
 
 		 383 aa  72.8  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2228  anti-FecI sigma factor, FecR  27.76 
 
 		 365 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28991  normal  0.282396 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  30.89 
 
 		 385 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  31.52 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  29.3 
 
 		 383 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1660  FecR protein  29.49 
 
 		 408 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5112  anti-FecI sigma factor, FecR  35.37 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464276  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  26.71 
 
 		 392 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  29.38 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1426  anti-FecI sigma factor, FecR  25.66 
 
 		 361 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2250  FecR protein  28.7 
 
 		 394 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2531  FecR protein  30.41 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1120  FecR protein  30.97 
 
 		 382 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.55861  hitchhiker  0.0000759776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6741  anti-FecI sigma factor, FecR  31.15 
 
 		 396 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.454691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2138  FecR protein  28.16 
 
 		 378 aa  71.2  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  26.63 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.554494  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  31.58 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  29.55 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  29.51 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  40 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  30.23 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 372 aa  69.7  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  38.73 
 
 		 411 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  36.67 
 
 		 386 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  27.41 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  31.75 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  26.41 
 
 		 264 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2723  FecR protein  35.33 
 
 		 380 aa  68.9  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6566  anti-FecI sigma factor, FecR  27.89 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.636553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  31.89 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3315  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  35.62 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  25.22 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1355  anti-FecI sigma factor, FecR  28.81 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0678  anti-FecI sigma factor, FecR  25.84 
 
 		 345 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.274942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  33.56 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  28.74 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  24.02 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2853  FecR protein  34.09 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.184226 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2895  anti-FecI sigma factor, FecR  23.38 
 
 		 357 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459828  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1501  FecR protein  35.86 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000718034  normal  0.0874984 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2856  anti-FecI sigma factor, FecR  27.62 
 
 		 378 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.183412  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>