More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1931 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  100 
 
 		 320 aa  652    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  40.81 
 
 		 329 aa  229  5e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  42.19 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  29.03 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  29.67 
 
 		 345 aa  122  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  27.16 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  25.55 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  29.26 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  28.09 
 
 		 331 aa  103  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  33.74 
 
 		 282 aa  103  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  26.89 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 		 344 aa  99.4  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  29.34 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  27.48 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  26.06 
 
 		 340 aa  95.1  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  25.15 
 
 		 332 aa  94.4  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  29.29 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  27.17 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  27.96 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  26.73 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  26.62 
 
 		 335 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  30.95 
 
 		 341 aa  89.4  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  26.62 
 
 		 335 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 347 aa  88.6  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2228  anti-FecI sigma factor, FecR  29.09 
 
 		 365 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28991  normal  0.282396 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  24.92 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  27.94 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  24.93 
 
 		 374 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  26.71 
 
 		 351 aa  87.8  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  25.87 
 
 		 342 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  30.42 
 
 		 376 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  36.53 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  26.09 
 
 		 335 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  27.7 
 
 		 333 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  26.25 
 
 		 336 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  25.09 
 
 		 318 aa  85.9  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  30.17 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  26.65 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  26.48 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  28.93 
 
 		 345 aa  82.4  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  26.42 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  26.18 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  29.78 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  31.37 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  24.92 
 
 		 350 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  25.37 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  24.56 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  26.82 
 
 		 328 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  24.24 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  27.97 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  29.25 
 
 		 368 aa  79.3  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  29.89 
 
 		 339 aa  79  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  26.44 
 
 		 342 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  25.52 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  26.64 
 
 		 336 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  26.59 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  31.01 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2190  anti-FecI sigma factor, FecR  29.78 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0300153  hitchhiker  0.000017551 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  31.25 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  30.92 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1860  anti-FecI sigma factor, FecR  22.81 
 
 		 332 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.3163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  26.3 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  25.32 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  29.35 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  30.62 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  30.38 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  28.29 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  28.03 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0357  anti-FecI sigma factor, FecR  28.78 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  27.73 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  26.61 
 
 		 342 aa  74.3  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  29.68 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  26.97 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  30.67 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1225  FecR protein  24.24 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.615104  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  24.39 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0304  FecR protein  31.13 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060234 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.32 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  30.15 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  24.56 
 
 		 339 aa  72.8  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  32.16 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  25.79 
 
 		 383 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  25.9 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  25.54 
 
 		 368 aa  71.6  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  26.18 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  25 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  28.93 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  23.19 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5418  anti-FecI sigma factor, FecR  28.21 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  25.49 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  25.09 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  25.32 
 
 		 344 aa  70.5  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  27.57 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4694  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 379 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.446501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  28.4 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  25.63 
 
 		 444 aa  70.5  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  32.78 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  22.42 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>