More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6149 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 340 aa  697    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  31.8 
 
 		 333 aa  169  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  31.01 
 
 		 351 aa  159  9e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  33.81 
 
 		 328 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  27.03 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  35.24 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  35.02 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  31.85 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  30.65 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  28.78 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  30.57 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  29.84 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  30.65 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0442  anti-FecI sigma factor, FecR  27.02 
 
 		 262 aa  105  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0522826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  29.11 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  30.33 
 
 		 344 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1792  anti-FecI sigma factor, FecR  26.2 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  30.18 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  29.43 
 
 		 323 aa  99.8  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  28.41 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0775  anti-FecI sigma factor, FecR  31.4 
 
 		 316 aa  95.9  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.909787  normal  0.445044 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  29.41 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  30.08 
 
 		 324 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  28.35 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6566  anti-FecI sigma factor, FecR  27.67 
 
 		 362 aa  87.8  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.636553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  26.32 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  29.95 
 
 		 345 aa  87.8  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  32.84 
 
 		 332 aa  87.4  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2450  anti-FecI sigma factor, FecR  25.21 
 
 		 365 aa  86.3  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  27.56 
 
 		 368 aa  86.3  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  32.95 
 
 		 383 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  30.08 
 
 		 345 aa  85.9  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  32.35 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  34.43 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  26.51 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  26.2 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  32.16 
 
 		 386 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  25.83 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  27.45 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  29.43 
 
 		 376 aa  82.4  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  29.41 
 
 		 367 aa  82.4  0.000000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  27.57 
 
 		 328 aa  82.4  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  31.53 
 
 		 329 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  29.71 
 
 		 381 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 344 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  27.04 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.554494  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  26.35 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  29.96 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  25.38 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  29.56 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  32 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  24.7 
 
 		 333 aa  79.7  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1461  anti-FecI sigma factor, FecR  27.91 
 
 		 366 aa  79.3  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  26.37 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0678  anti-FecI sigma factor, FecR  27.5 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.274942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  31.67 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  32.39 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  29.15 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  26.57 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  27.16 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 372 aa  76.3  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  31.25 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  25.69 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  30.46 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  27 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  29.73 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  25.8 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  30.85 
 
 		 407 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  25.89 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  28.44 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  26.39 
 
 		 337 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  29.36 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  26.24 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  24.55 
 
 		 368 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  27.3 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  25.21 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  31.54 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5522  anti-FecI sigma factor, FecR  30.54 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00063223  normal  0.246639 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1426  anti-FecI sigma factor, FecR  25.91 
 
 		 361 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  29.87 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  28.37 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0357  anti-FecI sigma factor, FecR  22.95 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  23.55 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  31.07 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2228  anti-FecI sigma factor, FecR  24.05 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28991  normal  0.282396 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5112  anti-FecI sigma factor, FecR  39.25 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464276  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  24.66 
 
 		 374 aa  69.7  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  32.57 
 
 		 386 aa  69.7  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  35.29 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  29.26 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  27.4 
 
 		 274 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  30.09 
 
 		 345 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  28.43 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  28.46 
 
 		 327 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  29.82 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  24.38 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  26.07 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  30.64 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>