More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5485 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
337 aa  685    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  30.37 
 
 
345 aa  126  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  27.64 
 
 
351 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 
330 aa  116  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  32.94 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  27.51 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  26.41 
 
 
329 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  27.93 
 
 
320 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  28.99 
 
 
344 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  30.5 
 
 
334 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  30.74 
 
 
397 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  27.16 
 
 
329 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  35.16 
 
 
378 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  33.16 
 
 
373 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  33.67 
 
 
382 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  32.61 
 
 
345 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  29.21 
 
 
344 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  31.18 
 
 
383 aa  99.4  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  30.53 
 
 
351 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2767  anti-FecI sigma factor, FecR  26.69 
 
 
304 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0012979 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  28.79 
 
 
332 aa  97.8  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1501  FecR protein  34.59 
 
 
375 aa  98.2  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000718034  normal  0.0874984 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  31.6 
 
 
328 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  29.82 
 
 
339 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  27.22 
 
 
332 aa  97.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  32.98 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  34.41 
 
 
386 aa  95.1  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1799  FecR protein  30.26 
 
 
385 aa  94.4  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110376 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  31.4 
 
 
326 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  37.66 
 
 
379 aa  94  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2317  anti-FecI sigma factor, FecR  31.89 
 
 
327 aa  93.6  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  25.45 
 
 
324 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  25.14 
 
 
315 aa  92.4  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  31.47 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  32.12 
 
 
384 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  33.73 
 
 
327 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  33.99 
 
 
381 aa  92.4  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  30.57 
 
 
337 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  31.12 
 
 
344 aa  90.9  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  30.94 
 
 
389 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  28.78 
 
 
365 aa  90.5  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  27.66 
 
 
376 aa  89.7  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  33.33 
 
 
327 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5341  anti-FecI sigma factor, FecR  33.88 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.150121  normal  0.0523863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6426  anti-FecI sigma factor, FecR  30.21 
 
 
397 aa  89.4  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0583598  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  30 
 
 
390 aa  89.4  8e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  25.44 
 
 
339 aa  89.4  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  30.38 
 
 
333 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  30.93 
 
 
383 aa  88.6  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
383 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  31.52 
 
 
413 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  30.69 
 
 
351 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  28.33 
 
 
308 aa  87  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  26.64 
 
 
332 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  28.63 
 
 
323 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  27.59 
 
 
326 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  23.19 
 
 
310 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  29.84 
 
 
368 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  24.62 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3160  anti-FecI sigma factor, FecR  31.37 
 
 
374 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00013248  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  25.23 
 
 
326 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  29.67 
 
 
313 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4372  anti-FecI sigma factor, FecR  31.44 
 
 
314 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000128934  normal  0.0200354 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0327  FecR protein  32 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4498  anti-FecI sigma factor, FecR  32.62 
 
 
394 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.388075  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  30.32 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  31.18 
 
 
335 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1990  FecR protein  32.09 
 
 
273 aa  84  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.328209  hitchhiker  0.0000107473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3122  anti-FecI sigma factor, FecR  32.79 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0237449  normal  0.801665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  29.36 
 
 
333 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0949  FecR protein  31.28 
 
 
372 aa  83.2  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416885  normal  0.208289 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  30.32 
 
 
398 aa  82.8  0.000000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2711  FecR protein  32.31 
 
 
383 aa  82.8  0.000000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  28.88 
 
 
378 aa  82.8  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  25.71 
 
 
326 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  29.08 
 
 
280 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  28.42 
 
 
360 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0904  FecR protein  28.79 
 
 
387 aa  82  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.585721  hitchhiker  0.000263319 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  27.66 
 
 
394 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  26.2 
 
 
319 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  28.27 
 
 
324 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3383  FecR protein  30.93 
 
 
375 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0955  FecR protein  28.8 
 
 
383 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.531637  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  28.49 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  32.32 
 
 
334 aa  80.9  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1381  anti-FecI sigma factor, FecR  32.12 
 
 
408 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0722919  normal  0.75398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0059  anti-FecI sigma factor, FecR  34.64 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  22.44 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  26.38 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  26.45 
 
 
339 aa  80.5  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1382  FecR protein  29 
 
 
398 aa  80.1  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2948  anti-FecI sigma factor, FecR  30.16 
 
 
398 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522825  normal  0.183052 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1120  FecR protein  30.77 
 
 
382 aa  79.7  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.55861  hitchhiker  0.0000759776 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  30.48 
 
 
367 aa  79.3  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  26.09 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  26.09 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3173  FecR protein  30.3 
 
 
379 aa  79.3  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0630959  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  30.69 
 
 
407 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  31.72 
 
 
321 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  27.74 
 
 
345 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>