More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0305 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
310 aa  644    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  30.48 
 
 
329 aa  170  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  31 
 
 
345 aa  149  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  27.33 
 
 
313 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  26.35 
 
 
329 aa  109  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  28.27 
 
 
351 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  25.86 
 
 
324 aa  103  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  32.34 
 
 
335 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  27.53 
 
 
330 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  28.11 
 
 
320 aa  93.2  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  25.08 
 
 
347 aa  89  8e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  26.51 
 
 
326 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  25.78 
 
 
315 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2228  anti-FecI sigma factor, FecR  28.78 
 
 
365 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28991  normal  0.282396 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1120  FecR protein  30.67 
 
 
382 aa  87  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.55861  hitchhiker  0.0000759776 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  29.06 
 
 
329 aa  87  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  24.59 
 
 
308 aa  86.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  27.19 
 
 
339 aa  85.5  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  26.52 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  28.97 
 
 
374 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  26.22 
 
 
368 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  25.31 
 
 
332 aa  83.6  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  25.3 
 
 
340 aa  83.2  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  26.83 
 
 
332 aa  83.2  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  26.44 
 
 
345 aa  82.8  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  26.2 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  25.56 
 
 
329 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  23.94 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  25.54 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  26.38 
 
 
342 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  32.08 
 
 
411 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  30.54 
 
 
386 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6566  anti-FecI sigma factor, FecR  27.59 
 
 
362 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.636553  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  24.52 
 
 
360 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  28.79 
 
 
386 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  24.85 
 
 
351 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  25.71 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  23.58 
 
 
341 aa  79.3  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  23.79 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  34.4 
 
 
307 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  26.01 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1792  anti-FecI sigma factor, FecR  26.73 
 
 
365 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  26.76 
 
 
376 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  28.04 
 
 
384 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2853  FecR protein  32.74 
 
 
371 aa  76.3  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.184226 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  23.91 
 
 
339 aa  75.9  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3946  anti-FecI sigma factor, FecR  28.11 
 
 
351 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  25.62 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0678  anti-FecI sigma factor, FecR  26.9 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.274942  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  28.72 
 
 
381 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  24.61 
 
 
345 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  26.02 
 
 
355 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5112  anti-FecI sigma factor, FecR  38.38 
 
 
405 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464276  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6661  anti-FecI sigma factor, FecR  28.83 
 
 
339 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  26.98 
 
 
407 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3790  FecR protein  28.43 
 
 
392 aa  72.8  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  32.54 
 
 
413 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2723  FecR protein  34.43 
 
 
380 aa  72.8  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  24.38 
 
 
333 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  22.83 
 
 
321 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  25.38 
 
 
340 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3451  anti-FecI sigma factor, FecR  43.3 
 
 
316 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0430565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  28.27 
 
 
328 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  27.64 
 
 
360 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1355  anti-FecI sigma factor, FecR  30.46 
 
 
354 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1414  anti-FecI sigma factor, FecR  26.34 
 
 
365 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0503225  normal  0.125671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  23.26 
 
 
332 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0949  FecR protein  25.38 
 
 
372 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416885  normal  0.208289 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  40 
 
 
383 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3705  anti-FecI sigma factor, FecR  26.23 
 
 
350 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  23.42 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  25.33 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  26.47 
 
 
333 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2138  FecR protein  30.18 
 
 
378 aa  70.5  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  30.36 
 
 
373 aa  70.1  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  26.67 
 
 
268 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  24.76 
 
 
381 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  22.53 
 
 
367 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4694  anti-FecI sigma factor, FecR  25.85 
 
 
379 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.446501  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4177  anti-FecI sigma factor, FecR  28.31 
 
 
382 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.485903  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 
368 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  23.62 
 
 
329 aa  68.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  37.61 
 
 
337 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0045  anti-FecI sigma factor, FecR  26.02 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3383  FecR protein  25.24 
 
 
375 aa  68.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  28.22 
 
 
321 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  25.85 
 
 
280 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  28.17 
 
 
351 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2767  anti-FecI sigma factor, FecR  23.45 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0012979 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  24.39 
 
 
372 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  27.95 
 
 
376 aa  68.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  28.48 
 
 
378 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  23 
 
 
383 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  24.8 
 
 
365 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0955  FecR protein  26.38 
 
 
383 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.531637  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1799  FecR protein  24.55 
 
 
385 aa  67  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  28.06 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  26.34 
 
 
378 aa  67  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  26.15 
 
 
398 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  28.57 
 
 
319 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>