More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5522 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5522  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
311 aa  637    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00063223  normal  0.246639 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  38.24 
 
 
319 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  32.42 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  28.97 
 
 
334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  26.12 
 
 
332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  25.93 
 
 
335 aa  116  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 
342 aa  108  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0003  anti-FecI sigma factor, FecR  30.22 
 
 
318 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3122  anti-FecI sigma factor, FecR  29.85 
 
 
316 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0237449  normal  0.801665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  26.6 
 
 
344 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  26.05 
 
 
323 aa  102  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  30.45 
 
 
345 aa  101  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  25.99 
 
 
348 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  26.01 
 
 
315 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  29.81 
 
 
307 aa  99.4  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  30.26 
 
 
328 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  36.52 
 
 
329 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4372  anti-FecI sigma factor, FecR  26.05 
 
 
314 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000128934  normal  0.0200354 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  25.08 
 
 
341 aa  96.7  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  30.04 
 
 
365 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  27.44 
 
 
384 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  27.43 
 
 
332 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  26.89 
 
 
333 aa  94  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 
330 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  27.6 
 
 
313 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  29.41 
 
 
386 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  24.92 
 
 
345 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  29.83 
 
 
383 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  23.48 
 
 
308 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  24.36 
 
 
367 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  25.44 
 
 
329 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  30.15 
 
 
345 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  24.4 
 
 
328 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  26.98 
 
 
278 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3705  anti-FecI sigma factor, FecR  25.32 
 
 
350 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  28.78 
 
 
321 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  27.71 
 
 
378 aa  86.7  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  23.89 
 
 
383 aa  86.7  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  32.43 
 
 
360 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  32.09 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  29.46 
 
 
351 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  32.04 
 
 
337 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  30.96 
 
 
324 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  26.94 
 
 
402 aa  84.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 
392 aa  83.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1120  FecR protein  29.56 
 
 
382 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.55861  hitchhiker  0.0000759776 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0955  FecR protein  25.84 
 
 
383 aa  82.4  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.531637  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  23.89 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  31.75 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  28.65 
 
 
413 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3198  anti-FecI sigma factor, FecR  31.55 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.694273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  23.62 
 
 
351 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2895  anti-FecI sigma factor, FecR  23.91 
 
 
357 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459828  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  25.96 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2894  FecR protein  25.71 
 
 
389 aa  80.5  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.226119 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  23.03 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  28.74 
 
 
407 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  29.64 
 
 
322 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3806  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 
372 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.769351  normal  0.169154 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  29.35 
 
 
282 aa  79.7  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  26.92 
 
 
333 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3150  FecR protein  24.14 
 
 
389 aa  79.7  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0892633  normal  0.911277 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  30.54 
 
 
397 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  29.3 
 
 
368 aa  79  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6398  anti-FecI sigma factor, FecR  32.04 
 
 
412 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1799  FecR protein  28.57 
 
 
385 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110376 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  28.46 
 
 
342 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  24.56 
 
 
376 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  28.74 
 
 
360 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  32.1 
 
 
398 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  30.37 
 
 
368 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  27.54 
 
 
385 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  31.74 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  28.3 
 
 
374 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  26.67 
 
 
394 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  27.47 
 
 
344 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2819  anti-FecI sigma factor, FecR  34.5 
 
 
349 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457961  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  26.2 
 
 
381 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  28.41 
 
 
351 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  27.18 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3173  FecR protein  30.05 
 
 
379 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0630959  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1352  putative FecR  38.26 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  25.59 
 
 
384 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  29.75 
 
 
379 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3451  anti-FecI sigma factor, FecR  32.6 
 
 
316 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0430565 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1501  FecR protein  30 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000718034  normal  0.0874984 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0904  FecR protein  29.24 
 
 
387 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.585721  hitchhiker  0.000263319 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6661  anti-FecI sigma factor, FecR  23.4 
 
 
339 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  32.48 
 
 
329 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  29.59 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  27.47 
 
 
337 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3160  anti-FecI sigma factor, FecR  30.25 
 
 
374 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00013248  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  30.84 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  30.06 
 
 
274 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  29.73 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  26.74 
 
 
383 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  32.6 
 
 
360 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1355  anti-FecI sigma factor, FecR  23.34 
 
 
354 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>