More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1715 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 324 aa  676    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  30.09 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  29.36 
 
 		 345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  29.04 
 
 		 282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  31.47 
 
 		 381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  33.48 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  28.62 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  28.21 
 
 		 334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  33.51 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  28.01 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  25.81 
 
 		 344 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0045  anti-FecI sigma factor, FecR  30.1 
 
 		 376 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  30.82 
 
 		 321 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  28.98 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3946  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  29.64 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2819  anti-FecI sigma factor, FecR  28.81 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0304  FecR protein  34.67 
 
 		 386 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060234 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  29.01 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  26.88 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  32.18 
 
 		 407 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  26.41 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  32.24 
 
 		 413 aa  99.8  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  25.45 
 
 		 337 aa  99.4  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  27.74 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0003  anti-FecI sigma factor, FecR  26.28 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  30.17 
 
 		 379 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  30.58 
 
 		 340 aa  97.4  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  28.07 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2250  FecR protein  31.13 
 
 		 394 aa  96.3  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  30 
 
 		 344 aa  96.3  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  32.74 
 
 		 378 aa  95.9  9e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  29.33 
 
 		 330 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  29.8 
 
 		 384 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  26.79 
 
 		 329 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  24.94 
 
 		 392 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  27.87 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6661  anti-FecI sigma factor, FecR  28.62 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4498  anti-FecI sigma factor, FecR  31.89 
 
 		 394 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.388075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  27.72 
 
 		 341 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0327  FecR protein  28.18 
 
 		 388 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  26.75 
 
 		 315 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  33.14 
 
 		 383 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  24.84 
 
 		 332 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  27.88 
 
 		 348 aa  93.6  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5341  anti-FecI sigma factor, FecR  35.44 
 
 		 385 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.150121  normal  0.0523863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5112  anti-FecI sigma factor, FecR  31.52 
 
 		 405 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464276  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  29.19 
 
 		 411 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  31.52 
 
 		 390 aa  92.8  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  29.08 
 
 		 368 aa  92.8  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 		 385 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3160  anti-FecI sigma factor, FecR  32.62 
 
 		 374 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00013248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  31.79 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2450  anti-FecI sigma factor, FecR  30.22 
 
 		 365 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  33.15 
 
 		 335 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2948  anti-FecI sigma factor, FecR  31.87 
 
 		 398 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522825  normal  0.183052 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  29.08 
 
 		 321 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  31.77 
 
 		 398 aa  90.9  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  29.47 
 
 		 378 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  31.69 
 
 		 373 aa  89.7  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  34.78 
 
 		 386 aa  89.4  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  28.48 
 
 		 342 aa  89  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 		 326 aa  89.4  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  23.99 
 
 		 351 aa  89.4  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  26.93 
 
 		 333 aa  89  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  30.48 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  31.96 
 
 		 402 aa  88.6  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2894  FecR protein  27.18 
 
 		 389 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.226119 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  25.5 
 
 		 347 aa  87  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3198  anti-FecI sigma factor, FecR  25.21 
 
 		 380 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.694273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  35.92 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6741  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 		 396 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.454691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3173  FecR protein  26.04 
 
 		 379 aa  86.7  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0630959  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  25.8 
 
 		 383 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3790  FecR protein  29.8 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  27.48 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  30.56 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  25.58 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1242  FecR protein  28.79 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  26.76 
 
 		 394 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  24.39 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  35.23 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0949  FecR protein  25.47 
 
 		 372 aa  84  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416885  normal  0.208289 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  25.72 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4177  anti-FecI sigma factor, FecR  30.72 
 
 		 382 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.485903  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0955  FecR protein  30.52 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.531637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3705  anti-FecI sigma factor, FecR  30.41 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  29.35 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3990  FecR protein  31.38 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  32.76 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1585  anti-FecI sigma factor, FecR  32.43 
 
 		 390 aa  82.8  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0777869 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  25.89 
 
 		 335 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  33.52 
 
 		 355 aa  82.4  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0724  FecR protein  26.86 
 
 		 391 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  33.33 
 
 		 317 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  31.36 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>