More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1096 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 333 aa  690    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  31.3 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  32.07 
 
 		 328 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  31.8 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 337 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  35.66 
 
 		 322 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  30.61 
 
 		 351 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0775  anti-FecI sigma factor, FecR  33.19 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.909787  normal  0.445044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  30.84 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  29.85 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  30.06 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  36.44 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0442  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 		 262 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0522826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  25.86 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  25.95 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  29.28 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  29.18 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  32 
 
 		 344 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  28.63 
 
 		 339 aa  106  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  33.88 
 
 		 386 aa  106  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  34.05 
 
 		 383 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  32.84 
 
 		 385 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  31.82 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4694  anti-FecI sigma factor, FecR  25.36 
 
 		 379 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.446501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  27.16 
 
 		 365 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  28.04 
 
 		 367 aa  95.9  8e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  27.21 
 
 		 315 aa  95.9  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1703  anti-FecI sigma factor, FecR  29.54 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  27.24 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  24.93 
 
 		 376 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  25.7 
 
 		 372 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  26.1 
 
 		 333 aa  92.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  27.2 
 
 		 376 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2450  anti-FecI sigma factor, FecR  25.65 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 		 383 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  29.33 
 
 		 308 aa  90.9  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  26.03 
 
 		 368 aa  90.9  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  28.4 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  28.37 
 
 		 333 aa  87.4  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  28.51 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0045  anti-FecI sigma factor, FecR  32.96 
 
 		 376 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  31.25 
 
 		 381 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  29.63 
 
 		 328 aa  86.3  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  26.44 
 
 		 360 aa  85.9  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  26.19 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0059  anti-FecI sigma factor, FecR  30.46 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  31.52 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6566  anti-FecI sigma factor, FecR  22.85 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.636553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  25.6 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  28.42 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1426  anti-FecI sigma factor, FecR  25.07 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  23.89 
 
 		 374 aa  83.2  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1461  anti-FecI sigma factor, FecR  25.83 
 
 		 366 aa  82.8  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  25.17 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1225  FecR protein  25.71 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.615104  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  31.11 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  34.64 
 
 		 382 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  29.52 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1809  anti-FecI sigma factor, FecR  31.75 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2668  FecR protein  28.65 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.153362  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  28.97 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  24.69 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3160  anti-FecI sigma factor, FecR  33.52 
 
 		 374 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00013248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  24.53 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  31.75 
 
 		 402 aa  80.5  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  26.32 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  28.98 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  27.56 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1566  anti-FecI sigma factor, FecR  24.85 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  26.26 
 
 		 327 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3198  anti-FecI sigma factor, FecR  29.29 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.694273 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  22.48 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  28.97 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  33.88 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  25.94 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  25.74 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  26.21 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2138  FecR protein  31.67 
 
 		 378 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  26.96 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  25.33 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  26.84 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  25.68 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.554494  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  29.82 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  34.21 
 
 		 398 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  29.19 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  30.77 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2220  anti-FecI sigma factor, FecR  24.29 
 
 		 372 aa  76.6  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.123621 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1860  anti-FecI sigma factor, FecR  29.38 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.3163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2895  anti-FecI sigma factor, FecR  23.95 
 
 		 357 aa  76.3  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  26.92 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  25.86 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  29.21 
 
 		 334 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  31.8 
 
 		 383 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2856  anti-FecI sigma factor, FecR  30.51 
 
 		 378 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.183412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  28.52 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4177  anti-FecI sigma factor, FecR  31.33 
 
 		 382 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.485903  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  33.96 
 
 		 394 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  26.39 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>