More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3160 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3160  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
374 aa  762    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00013248  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3198  anti-FecI sigma factor, FecR  38.54 
 
 
380 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.694273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0045  anti-FecI sigma factor, FecR  34.57 
 
 
376 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  37.08 
 
 
381 aa  237  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  39.66 
 
 
383 aa  196  6e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  31.38 
 
 
386 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  31.78 
 
 
382 aa  185  9e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  35.83 
 
 
379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  38.68 
 
 
385 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0059  anti-FecI sigma factor, FecR  30.63 
 
 
380 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  31.22 
 
 
394 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  29.98 
 
 
411 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  27.72 
 
 
407 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  33.04 
 
 
376 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1382  FecR protein  35.41 
 
 
398 aa  149  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  30.08 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5112  anti-FecI sigma factor, FecR  29.16 
 
 
405 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464276  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3204  anti-FecI sigma factor, FecR  30.34 
 
 
371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.619399  normal  0.25037 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  36.55 
 
 
378 aa  146  4.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  34.93 
 
 
390 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0304  FecR protein  31.7 
 
 
386 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00060234 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6741  anti-FecI sigma factor, FecR  34.02 
 
 
396 aa  143  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.454691  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  36.33 
 
 
386 aa  143  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1585  anti-FecI sigma factor, FecR  33.46 
 
 
390 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0777869 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  35.96 
 
 
378 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2894  FecR protein  30.42 
 
 
389 aa  139  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.226119 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  31.4 
 
 
389 aa  139  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  28.13 
 
 
413 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4498  anti-FecI sigma factor, FecR  35.29 
 
 
394 aa  136  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.388075  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0327  FecR protein  30.58 
 
 
388 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6426  anti-FecI sigma factor, FecR  33.11 
 
 
397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0583598  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5341  anti-FecI sigma factor, FecR  35.84 
 
 
385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.150121  normal  0.0523863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  38.12 
 
 
397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1120  FecR protein  31.25 
 
 
382 aa  133  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.55861  hitchhiker  0.0000759776 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1381  anti-FecI sigma factor, FecR  34.62 
 
 
408 aa  133  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0722919  normal  0.75398 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2711  FecR protein  33.03 
 
 
383 aa  132  7.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1799  FecR protein  28.17 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110376 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1355  anti-FecI sigma factor, FecR  34.96 
 
 
354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2948  anti-FecI sigma factor, FecR  31.11 
 
 
398 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522825  normal  0.183052 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  34.26 
 
 
402 aa  129  8.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1990  FecR protein  34.94 
 
 
273 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.328209  hitchhiker  0.0000107473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  33.17 
 
 
373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3790  FecR protein  29.67 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2079  anti-FecI sigma factor, FecR  32.73 
 
 
381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2245  FecR protein  33.44 
 
 
396 aa  127  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4177  anti-FecI sigma factor, FecR  29.96 
 
 
382 aa  126  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.485903  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6156  anti-FecI sigma factor, FecR  35.22 
 
 
391 aa  126  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.654672  normal  0.21983 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  33.85 
 
 
384 aa  126  8.000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2531  FecR protein  35.62 
 
 
390 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0949  FecR protein  32.64 
 
 
372 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416885  normal  0.208289 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2138  FecR protein  37.56 
 
 
378 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  31.21 
 
 
398 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0724  FecR protein  30.59 
 
 
391 aa  124  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2853  FecR protein  28.81 
 
 
371 aa  122  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.184226 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0955  FecR protein  34.22 
 
 
383 aa  122  9e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.531637  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0904  FecR protein  29.66 
 
 
387 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.585721  hitchhiker  0.000263319 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  30.67 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1501  FecR protein  33.67 
 
 
375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000718034  normal  0.0874984 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2250  FecR protein  33.66 
 
 
394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3806  anti-FecI sigma factor, FecR  27.66 
 
 
372 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.769351  normal  0.169154 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2856  anti-FecI sigma factor, FecR  34.63 
 
 
378 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.183412  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3967  FecR protein  33.01 
 
 
385 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4608  anti-FecI sigma factor, FecR  32.13 
 
 
383 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0715  anti-FecI sigma factor, FecR  32.95 
 
 
394 aa  117  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372479  normal  0.420787 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3997  FecR protein  29.63 
 
 
377 aa  116  6e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  39.39 
 
 
384 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3990  FecR protein  36.63 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3173  FecR protein  32.49 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0630959  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1660  FecR protein  33.02 
 
 
408 aa  113  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3383  FecR protein  36.14 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3946  anti-FecI sigma factor, FecR  27.95 
 
 
351 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2723  FecR protein  34.73 
 
 
380 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3150  FecR protein  30.37 
 
 
389 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0892633  normal  0.911277 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1242  FecR protein  31.8 
 
 
371 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4659  anti-FecI sigma factor, FecR  29.38 
 
 
430 aa  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000347403  unclonable  0.0000000000000282037 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4547  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 
377 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  normal  0.0835387 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
367 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1037  FecR protein  30.34 
 
 
408 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929522  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  27.61 
 
 
392 aa  103  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2668  FecR protein  30.11 
 
 
361 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.153362  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
383 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  31.55 
 
 
334 aa  100  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  31.03 
 
 
329 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2094  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
374 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  34.13 
 
 
345 aa  95.9  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  28.7 
 
 
365 aa  93.6  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2375  FecR protein  25 
 
 
412 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0596034  normal  0.112561 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  32.62 
 
 
324 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  28.7 
 
 
332 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  30.15 
 
 
308 aa  90.9  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3391  FecR protein  25.15 
 
 
424 aa  88.6  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.335888  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  31.61 
 
 
345 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  27.86 
 
 
376 aa  87.8  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  35.33 
 
 
317 aa  87  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  27.06 
 
 
330 aa  87  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  35.16 
 
 
331 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  31.37 
 
 
337 aa  86.3  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  29.15 
 
 
328 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  35.56 
 
 
331 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  28.86 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>