More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3232 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
313 aa  644    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  34.07 
 
 
315 aa  162  7e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 
321 aa  149  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
329 aa  136  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  33.64 
 
 
383 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2138  FecR protein  33.62 
 
 
378 aa  123  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  30.15 
 
 
376 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 
308 aa  119  7.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  29.17 
 
 
345 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  28.75 
 
 
333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  26.57 
 
 
365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  27.05 
 
 
328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  31.8 
 
 
392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  28.35 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0949  FecR protein  26.16 
 
 
372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416885  normal  0.208289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  28.53 
 
 
329 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2250  FecR protein  31.28 
 
 
394 aa  112  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  28.7 
 
 
342 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  27.33 
 
 
310 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1501  FecR protein  25.75 
 
 
375 aa  109  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000718034  normal  0.0874984 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  31.95 
 
 
332 aa  109  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  29.28 
 
 
328 aa  109  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  25.91 
 
 
341 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  29.56 
 
 
348 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  27.94 
 
 
323 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  28.34 
 
 
347 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  34.08 
 
 
326 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2672  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
386 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0304  FecR protein  36.87 
 
 
386 aa  106  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00060234 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  29.22 
 
 
345 aa  106  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  38.15 
 
 
413 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5112  anti-FecI sigma factor, FecR  33.18 
 
 
405 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464276  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1585  anti-FecI sigma factor, FecR  33.02 
 
 
390 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0777869 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0904  FecR protein  30.21 
 
 
387 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.585721  hitchhiker  0.000263319 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 
324 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  32.86 
 
 
378 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2531  FecR protein  35.43 
 
 
390 aa  103  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0955  FecR protein  29.47 
 
 
383 aa  103  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.531637  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2894  FecR protein  31.72 
 
 
389 aa  102  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.226119 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1990  FecR protein  33.33 
 
 
273 aa  102  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.328209  hitchhiker  0.0000107473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1799  FecR protein  29.63 
 
 
385 aa  102  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110376 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  31.53 
 
 
367 aa  102  9e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  30.77 
 
 
384 aa  102  9e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  27.09 
 
 
351 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  31.19 
 
 
383 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1414  anti-FecI sigma factor, FecR  32.82 
 
 
365 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0503225  normal  0.125671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  28 
 
 
335 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  27.51 
 
 
328 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1660  FecR protein  31.7 
 
 
408 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1120  FecR protein  27.27 
 
 
382 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.55861  hitchhiker  0.0000759776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  32.74 
 
 
278 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  30.84 
 
 
376 aa  99.8  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  32.18 
 
 
385 aa  99.4  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  30.33 
 
 
337 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  30.43 
 
 
373 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2948  anti-FecI sigma factor, FecR  31.58 
 
 
398 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522825  normal  0.183052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  31.54 
 
 
360 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3790  FecR protein  33.01 
 
 
392 aa  98.2  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  26.09 
 
 
345 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  27.48 
 
 
324 aa  97.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3150  FecR protein  28.76 
 
 
389 aa  96.7  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0892633  normal  0.911277 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  25.99 
 
 
340 aa  96.3  6e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2711  FecR protein  29.69 
 
 
383 aa  96.3  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  34.1 
 
 
378 aa  95.9  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  29.18 
 
 
330 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6426  anti-FecI sigma factor, FecR  36.52 
 
 
397 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0583598  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3967  FecR protein  34.73 
 
 
385 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  26.24 
 
 
282 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  25.95 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1382  FecR protein  34.94 
 
 
398 aa  94  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  29.28 
 
 
398 aa  94  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2245  FecR protein  31.93 
 
 
396 aa  93.6  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2895  anti-FecI sigma factor, FecR  26.17 
 
 
357 aa  93.6  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459828  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4608  anti-FecI sigma factor, FecR  31.43 
 
 
383 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  30.98 
 
 
389 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  28.79 
 
 
344 aa  93.2  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  26.13 
 
 
344 aa  93.2  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  28.06 
 
 
345 aa  92.8  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3946  anti-FecI sigma factor, FecR  33.64 
 
 
351 aa  92.8  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  29.36 
 
 
348 aa  92.4  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3990  FecR protein  32.23 
 
 
367 aa  92.4  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3391  FecR protein  28.1 
 
 
424 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.335888  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2853  FecR protein  33.65 
 
 
371 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.184226 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  35.19 
 
 
397 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  32.36 
 
 
320 aa  91.3  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  30.59 
 
 
381 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 
383 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5341  anti-FecI sigma factor, FecR  31.92 
 
 
385 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.150121  normal  0.0523863 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  36.21 
 
 
402 aa  90.5  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  29.11 
 
 
335 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2723  FecR protein  32.08 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
382 aa  90.1  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  31.07 
 
 
329 aa  89.4  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  25.91 
 
 
355 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1242  FecR protein  29.71 
 
 
371 aa  89.4  8e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 
398 aa  89.4  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  31.48 
 
 
394 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  28.4 
 
 
333 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1355  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 
354 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  25.61 
 
 
319 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>