More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4193 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
329 aa  676    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  42.09 
 
 
327 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  39.31 
 
 
326 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  41.67 
 
 
334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  37.66 
 
 
317 aa  215  9e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  38.87 
 
 
319 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  37.66 
 
 
317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  38.46 
 
 
334 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  38.46 
 
 
334 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  38.46 
 
 
334 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  37.54 
 
 
328 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  39.13 
 
 
356 aa  207  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  38.44 
 
 
320 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  36.94 
 
 
314 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  36.83 
 
 
328 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  38.46 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  37.66 
 
 
330 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  37.66 
 
 
330 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  38.83 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  39.23 
 
 
313 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  38.44 
 
 
321 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  38.77 
 
 
336 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  36.34 
 
 
321 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  39.58 
 
 
314 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  39.58 
 
 
314 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  36.96 
 
 
323 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  38.7 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  39.01 
 
 
314 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  39.61 
 
 
316 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  36.28 
 
 
333 aa  188  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  35.65 
 
 
327 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  37.97 
 
 
315 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  37.9 
 
 
317 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  36.51 
 
 
320 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  35.76 
 
 
340 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  35.03 
 
 
320 aa  186  5e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  35.42 
 
 
328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  36.76 
 
 
313 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  35.99 
 
 
328 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  37.74 
 
 
323 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  35.39 
 
 
311 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  34.48 
 
 
332 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  36.36 
 
 
311 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  34.59 
 
 
325 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  36.42 
 
 
327 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  36.62 
 
 
340 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  34.67 
 
 
318 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  35.6 
 
 
329 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  35.6 
 
 
329 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  37.78 
 
 
311 aa  176  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  34.37 
 
 
318 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  35.29 
 
 
329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  36.68 
 
 
325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  36.62 
 
 
330 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  36.36 
 
 
315 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  34.59 
 
 
325 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  34.06 
 
 
318 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 
318 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  34.6 
 
 
318 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  35.37 
 
 
323 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  34.85 
 
 
327 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  34.29 
 
 
305 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  35.49 
 
 
317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  35.49 
 
 
317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  36.57 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  35.49 
 
 
317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  35.69 
 
 
327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  35.19 
 
 
317 aa  165  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  31.73 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  32.57 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  35.19 
 
 
317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 
313 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  35.05 
 
 
327 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  31.41 
 
 
316 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  33.95 
 
 
321 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  34.71 
 
 
315 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  33.54 
 
 
318 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  32.11 
 
 
323 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  33.12 
 
 
321 aa  159  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  32.05 
 
 
316 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  34.08 
 
 
318 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  33.33 
 
 
318 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  32.9 
 
 
316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  32.26 
 
 
318 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  31.06 
 
 
315 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  32.27 
 
 
318 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  36.02 
 
 
317 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  31.03 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  31.03 
 
 
318 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  31.95 
 
 
323 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  33.02 
 
 
320 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  31.46 
 
 
318 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  33.44 
 
 
328 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  30.61 
 
 
328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0691  anti-FecI sigma factor, FecR  30.43 
 
 
332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02240  anti-sigma factor, FecR family  31.86 
 
 
320 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1050  putative FecR  30.77 
 
 
318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44140  PupR/FecR-like anti-sigma factor protein  31.66 
 
 
324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.272255  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  30.19 
 
 
315 aa  133  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4300  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  29.01 
 
 
313 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.060712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>